More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1216 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1216  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 315 aa  649    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1044  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  98.41 
 
 		 332 aa  637    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.865685  normal  0.351691 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1262  LysR family transcriptional regulator  85.62 
 
 		 315 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.902208 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4461  LysR family transcriptional regulator  85.62 
 
 		 315 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0865  LysR family transcriptional regulator  84.57 
 
 		 315 aa  532  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4584  LysR family transcriptional regulator  85.29 
 
 		 315 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.143082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0937  LysR family transcriptional regulator  83.76 
 
 		 322 aa  527  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1210  putative transcriptional regulator  73.86 
 
 		 317 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13510  LysR family transcriptional regulator  73.53 
 
 		 317 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  65.03 
 
 		 312 aa  428  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1347  LysR family transcriptional regulator  65.36 
 
 		 312 aa  427  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.336134 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1581  LysR family transcriptional regulator  63.07 
 
 		 312 aa  414  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.457037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2420  LysR family transcriptional regulator  63.7 
 
 		 334 aa  414  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0259227 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1679  LysR family transcriptional regulator  63.52 
 
 		 313 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  63.73 
 
 		 313 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  63.73 
 
 		 313 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2624  transcriptional regulator  64.05 
 
 		 313 aa  408  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0210848  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0412  LysR family transcriptional regulator  63.19 
 
 		 313 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0750  LysR family transcriptional regulator  63.19 
 
 		 313 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.63163  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0936  transcriptional regulator  63.19 
 
 		 313 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434313  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1701  LysR family transcriptional regulator  63.19 
 
 		 313 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.672113  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1855  transcriptional regulator  63.19 
 
 		 313 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1469  LysR family transcriptional regulator  63.19 
 
 		 313 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  62.75 
 
 		 313 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4595  LysR family transcriptional regulator  63.07 
 
 		 313 aa  404  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.489457  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  62.75 
 
 		 313 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  62.75 
 
 		 313 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  61.46 
 
 		 313 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52930  transcriptional regulator  64.71 
 
 		 314 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.30988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4638  transcriptional regulator  64.38 
 
 		 314 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04020  Transcriptional regulator, LysR family  60.6 
 
 		 323 aa  381  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.010464  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4797  transcriptional regulator, LysR family  57.84 
 
 		 331 aa  370  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0282773  hitchhiker  0.00000720419 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1864  LysR family transcriptional regulator  57.52 
 
 		 331 aa  368  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.708451  normal  0.0358907 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0596  LysR family transcriptional regulator  54.78 
 
 		 336 aa  363  2e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0872  LysR family transcriptional regulator  54.78 
 
 		 336 aa  363  2e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1839  LysR family transcriptional regulator  54.78 
 
 		 336 aa  363  2e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2329  LysR family transcriptional regulator  54.78 
 
 		 354 aa  363  2e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1646  LysR family transcriptional regulator  54.78 
 
 		 354 aa  363  2e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1112  LysR family transcriptional regulator  54.78 
 
 		 336 aa  363  2e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.358465  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1025  LysR family transcriptional regulator  54.14 
 
 		 336 aa  358  5e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.951762  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3740  LysR family transcriptional regulator  54.97 
 
 		 315 aa  349  3e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.163769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4325  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 315 aa  348  7e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4041  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 315 aa  348  7e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1681  LysR family transcriptional regulator  54.97 
 
 		 315 aa  348  9e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446962  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4214  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 315 aa  348  9e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.383155 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5074  LysR family transcriptional regulator  56.86 
 
 		 332 aa  345  4e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.119711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3196  LysR family transcriptional regulator  53.97 
 
 		 315 aa  343  2e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4285  LysR family transcriptional regulator  52.98 
 
 		 315 aa  341  1e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.300927 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6200  LysR family transcriptional regulator  56.65 
 
 		 316 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0503075 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5833  LysR family transcriptional regulator  56.65 
 
 		 316 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5752  LysR family transcriptional regulator  55.7 
 
 		 313 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.515576 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6676  LysR family transcriptional regulator  56.33 
 
 		 316 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.454387  normal  0.341133 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5996  LysR family transcriptional regulator  55.38 
 
 		 313 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.178343  normal  0.48899 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6527  LysR family transcriptional regulator  56.01 
 
 		 313 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3585  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 312 aa  333  2e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0364205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5327  LysR family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 317 aa  322  4e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0620404 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0237  putative transcriptional regulator  52.12 
 
 		 355 aa  318  1e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4540  LysR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 322 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29008  normal  0.0118827 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3828  LysR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 322 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.224143  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5764  LysR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 322 aa  308  8e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3964  LysR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 322 aa  308  8e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0669221  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1305  LysR family transcriptional regulator  47.88 
 
 		 322 aa  308  8e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4120  LysR family transcriptional regulator  47.88 
 
 		 323 aa  308  8e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1404  LysR family transcriptional regulator  49.03 
 
 		 323 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0157  LysR family transcriptional regulator  49.03 
 
 		 323 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.820068  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1196  LysR family transcriptional regulator  49.03 
 
 		 323 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.191376  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0435  LysR family transcriptional regulator  49.03 
 
 		 323 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.231747  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1489  LysR family transcriptional regulator  49.03 
 
 		 323 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6627  LysR family transcriptional regulator  53.42 
 
 		 308 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.974267  normal  0.184966 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1142  LysR family transcriptional regulator  49.03 
 
 		 323 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4426  LysR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 322 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1394  LysR family transcriptional regulator  49.03 
 
 		 430 aa  306  3e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.52025  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0008  transcriptional regulator  49.03 
 
 		 431 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.636727  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1113  LysR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 318 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.293194 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01980  LysR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 312 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.445097 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5836  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 329 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5024  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 329 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205227  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4343  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 327 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10730  transcriptional regulator, LysR family  50.83 
 
 		 311 aa  296  2e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3043  LysR family transcriptional regulator  47.7 
 
 		 327 aa  290  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.696334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2866  LysR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 310 aa  265  7e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.50633 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3493  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 310 aa  260  2e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.911238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2278  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 310 aa  259  3e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2435  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 310 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2804  LysR family transcriptional regulator  45.18 
 
 		 308 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2931  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 352 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4290  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 328 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.376477 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3189  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 328 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4971  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 328 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0570046  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1894  LysR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 324 aa  240  2.9999999999999997e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27400  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 323 aa  236  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2317  LysR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 315 aa  229  5e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.618902  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.81 
 
 		 305 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 351 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 351 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 351 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  39.86 
 
 		 351 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 367 aa  211  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 367 aa  211  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 351 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>