More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_0616 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 320 aa  665    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  66.12 
 
 		 331 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  64.24 
 
 		 310 aa  411  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3160  LysR family transcriptional regulator  61.94 
 
 		 316 aa  405  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0588  LysR family transcriptional regulator  55.41 
 
 		 301 aa  363  2e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  52.6 
 
 		 291 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  51.5 
 
 		 304 aa  319  3e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  49.01 
 
 		 308 aa  311  1e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3026  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 336 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0264473 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1422  transcriptional regulator, LysR family  47.68 
 
 		 309 aa  300  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0939  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 		 305 aa  271  1e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001199  transcriptional regulator  41.18 
 
 		 309 aa  265  1e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.862431  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  41.18 
 
 		 309 aa  263  2e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0349  LysR family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 312 aa  261  8.999999999999999e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0231  transcriptional regulator, LysR family  41.86 
 
 		 298 aa  258  8e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  39.87 
 
 		 308 aa  252  7e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0835  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  39.53 
 
 		 297 aa  241  2e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000051165  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0915  LysR family transcriptional regulator  36.66 
 
 		 326 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1658  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 305 aa  215  7e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.265046 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 335 aa  204  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0188  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 302 aa  202  7e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 307 aa  202  8e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.23 
 
 		 307 aa  195  9e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  35.27 
 
 		 289 aa  191  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  34.59 
 
 		 289 aa  190  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3197  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 291 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  35.64 
 
 		 288 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 324 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  37.33 
 
 		 305 aa  188  9e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 325 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  32.77 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  34.59 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 307 aa  186  4e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.11 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 295 aa  186  5e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1233  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 311 aa  186  6e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.573429  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 310 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 310 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.4 
 
 		 300 aa  185  8e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 313 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  35.89 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 313 aa  182  6e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 313 aa  182  7e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 322 aa  181  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 303 aa  180  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0549  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0269293 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 296 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 289 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5680  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 313 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.510006 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 304 aa  179  7e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 292 aa  179  7e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 309 aa  179  8e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  33.67 
 
 		 289 aa  178  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  32.77 
 
 		 290 aa  178  1e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 338 aa  177  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  29.33 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 328 aa  177  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 289 aa  177  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 302 aa  176  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  34.12 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 292 aa  177  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 310 aa  177  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 305 aa  176  3e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.89 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 313 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  176  6e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3226  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 309 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 299 aa  176  7e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.81 
 
 		 299 aa  176  7e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 313 aa  176  7e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 306 aa  175  7e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 311 aa  175  7e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>