More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4186 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 331 aa  673    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3160  LysR family transcriptional regulator  72.82 
 
 		 316 aa  456  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  66.12 
 
 		 320 aa  429  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  69.1 
 
 		 310 aa  422  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  56.81 
 
 		 304 aa  352  5.9999999999999994e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 291 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0588  LysR family transcriptional regulator  55.59 
 
 		 301 aa  335  9e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  54.08 
 
 		 308 aa  330  2e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3026  LysR family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 336 aa  322  6e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0264473 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1422  transcriptional regulator, LysR family  51.99 
 
 		 309 aa  322  8e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0231  transcriptional regulator, LysR family  48.12 
 
 		 298 aa  301  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0939  transcriptional regulator, LysR family  41.47 
 
 		 305 aa  268  1e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0349  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 312 aa  266  5e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  43.85 
 
 		 308 aa  263  4e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 309 aa  263  4e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001199  transcriptional regulator  41.33 
 
 		 309 aa  261  1e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.862431  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0915  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 326 aa  252  6e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1658  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.265046 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0835  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.91 
 
 		 297 aa  233  3e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000051165  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0188  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 302 aa  212  7e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 307 aa  202  5e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3197  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 297 aa  199  7e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 335 aa  196  6e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 309 aa  192  5e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 298 aa  192  6e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.93 
 
 		 307 aa  192  8e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 313 aa  191  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 325 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  34.6 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 313 aa  186  5e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 295 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 291 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  33.99 
 
 		 309 aa  183  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 299 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 296 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 328 aa  182  7e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 310 aa  182  8.000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 313 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  182  9.000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  182  9.000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3335  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 312 aa  182  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.508652 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 290 aa  181  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 324 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 299 aa  180  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 299 aa  180  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 299 aa  180  4e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 299 aa  180  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 305 aa  180  4e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  31.67 
 
 		 313 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 299 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 312 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  31.16 
 
 		 313 aa  179  7e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 313 aa  179  7e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 313 aa  179  8e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 313 aa  179  8e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 313 aa  179  8e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 313 aa  179  8e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 294 aa  179  9e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 302 aa  178  9e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31630  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.469253  normal  0.129426 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1210  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.467633  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 337 aa  177  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  30.49 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 338 aa  177  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2398  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 313 aa  177  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 324 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5876  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 324 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>