More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I0939 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I0939  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 305 aa  635    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0349  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 312 aa  318  5e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  47.33 
 
 		 309 aa  308  1.0000000000000001e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001199  transcriptional regulator  47 
 
 		 309 aa  307  2.0000000000000002e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.862431  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  47.84 
 
 		 308 aa  305  9.000000000000001e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1658  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 305 aa  300  2e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.265046 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0835  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  44.67 
 
 		 297 aa  283  2.0000000000000002e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000051165  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 304 aa  276  4e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 		 320 aa  271  1e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 331 aa  268  1e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 310 aa  268  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 308 aa  266  2e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 291 aa  263  3e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0588  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 301 aa  259  4e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1422  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 309 aa  256  4e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3026  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 336 aa  254  9e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0264473 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3160  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 316 aa  246  3e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0231  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 		 298 aa  239  5.999999999999999e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 335 aa  193  3e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0915  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 326 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1586  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.274123  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.67 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 309 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1233  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.573429  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 307 aa  176  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 296 aa  176  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3197  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0188  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  32.88 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 299 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 304 aa  169  6e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  31.17 
 
 		 300 aa  169  6e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 308 aa  169  7e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 294 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 296 aa  167  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 301 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1985  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 330 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 298 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6245  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3459  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 324 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 295 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4063  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 324 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4303  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 324 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 297 aa  165  9e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 298 aa  165  9e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 294 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 304 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  34.15 
 
 		 289 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 290 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1210  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.467633  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  30.48 
 
 		 309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4614  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 314 aa  163  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0515888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1894  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 324 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 297 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0905  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 295 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.227995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 301 aa  162  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 301 aa  162  9e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 300 aa  162  9e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.79 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10730  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 311 aa  161  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 311 aa  161  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3270  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 316 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0353308  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3456  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 340 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.695325 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5603  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 359 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.469593 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5256  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 359 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2676  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 295 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 353 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  30.13 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  31.03 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 294 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 289 aa  160  3e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 294 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2450  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4625  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 331 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00069577 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1605  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 295 aa  159  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.25782 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0562  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 311 aa  159  4e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.293612 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3240  transcriptional regulator  31.6 
 
 		 302 aa  159  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3870  putative transcriptional regulator  32.09 
 
 		 289 aa  159  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.618692 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3963  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 324 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>