More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1422 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1422  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 309 aa  623  1e-177  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3026  LysR family transcriptional regulator  94.5 
 
 		 336 aa  590  1e-167  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0264473 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  72.96 
 
 		 308 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  51.99 
 
 		 331 aa  322  7e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  53.31 
 
 		 304 aa  310  1e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  47.68 
 
 		 320 aa  300  2e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  52.41 
 
 		 291 aa  297  2e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  49.01 
 
 		 310 aa  293  2e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0231  transcriptional regulator, LysR family  48.8 
 
 		 298 aa  286  2.9999999999999996e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3160  LysR family transcriptional regulator  48.49 
 
 		 316 aa  281  7.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0939  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 305 aa  256  4e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0588  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 301 aa  255  8e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  40.73 
 
 		 308 aa  250  2e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0349  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 312 aa  244  9.999999999999999e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1658  LysR family transcriptional regulator  42.48 
 
 		 305 aa  243  3e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.265046 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  37.75 
 
 		 309 aa  235  7e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0835  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  37.41 
 
 		 297 aa  234  2.0000000000000002e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000051165  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001199  transcriptional regulator  37.09 
 
 		 309 aa  233  4.0000000000000004e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.862431  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0915  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 326 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 298 aa  195  9e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0188  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 302 aa  195  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 289 aa  191  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 295 aa  191  2e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 298 aa  187  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.37 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 298 aa  186  6e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 328 aa  185  7e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 325 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  36.64 
 
 		 309 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 324 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 306 aa  179  4.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.21 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  32.55 
 
 		 313 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.88 
 
 		 335 aa  178  8e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 310 aa  178  9e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 310 aa  178  9e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4851  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204914  normal  0.243062 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  32.89 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 289 aa  176  3e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 298 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 293 aa  176  5e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 313 aa  175  8e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 312 aa  175  8e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  33.56 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 313 aa  175  8e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 313 aa  175  9e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 313 aa  175  9e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 307 aa  175  9e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 313 aa  175  9e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 293 aa  175  9e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 313 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 313 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2703  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.637197 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3692  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 289 aa  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 324 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  33.01 
 
 		 309 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  32.21 
 
 		 313 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 293 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.49 
 
 		 289 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 		 296 aa  172  9e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 305 aa  172  9e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 337 aa  172  9e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1233  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.573429  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>