More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3584 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  628  1e-179  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  69.1 
 
 		 331 aa  422  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  64.24 
 
 		 320 aa  411  1e-114  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3160  LysR family transcriptional regulator  67 
 
 		 316 aa  392  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  61.38 
 
 		 291 aa  352  2.9999999999999997e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  60.61 
 
 		 304 aa  351  1e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0588  LysR family transcriptional regulator  56.31 
 
 		 301 aa  342  5.999999999999999e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  50.66 
 
 		 308 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3026  LysR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 336 aa  295  6e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0264473 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1422  transcriptional regulator, LysR family  49.01 
 
 		 309 aa  293  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0231  transcriptional regulator, LysR family  50.85 
 
 		 298 aa  290  1e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0939  transcriptional regulator, LysR family  41.86 
 
 		 305 aa  268  1e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0349  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 312 aa  255  6e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  39.2 
 
 		 308 aa  251  9.000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  39.34 
 
 		 309 aa  250  3e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001199  transcriptional regulator  39.02 
 
 		 309 aa  249  5e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.862431  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0915  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 326 aa  241  9e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0835  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.21 
 
 		 297 aa  218  7e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000051165  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1658  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.265046 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 335 aa  209  5e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0188  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 305 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.9 
 
 		 307 aa  198  7e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 298 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 305 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 298 aa  195  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 305 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3335  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 312 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.508652 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  193  4e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 328 aa  193  4e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 305 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 295 aa  192  6e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3197  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.62 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  36.24 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 299 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  188  8e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  188  8e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  188  8e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 299 aa  187  1e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 299 aa  187  1e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 299 aa  187  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 304 aa  187  1e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 299 aa  187  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3692  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 302 aa  186  5e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 311 aa  186  6e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4608  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 305 aa  186  6e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.612778 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 310 aa  185  7e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5680  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 313 aa  185  9e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.510006 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 302 aa  185  9e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 291 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  37.72 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 307 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 		 293 aa  182  6e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 310 aa  182  7e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 302 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 298 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.23 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 290 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 294 aa  180  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4265  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 312 aa  181  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.503566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 298 aa  180  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 324 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 312 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.3 
 
 		 295 aa  179  4e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0786  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 325 aa  179  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0968  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 308 aa  179  4.999999999999999e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.564507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 309 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 309 aa  179  7e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  35.12 
 
 		 309 aa  178  9e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.07 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  35.07 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.62 
 
 		 289 aa  177  3e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 294 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>