More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001199 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_001199  transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  638    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.862431  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  98.71 
 
 		 309 aa  631  1e-180  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0349  LysR family transcriptional regulator  80.07 
 
 		 312 aa  508  1e-143  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0835  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  66.44 
 
 		 297 aa  427  1e-118  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000051165  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0939  transcriptional regulator, LysR family  47 
 
 		 305 aa  307  2.0000000000000002e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1658  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 305 aa  284  1.0000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.265046 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  42.28 
 
 		 308 aa  267  2e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 320 aa  265  1e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 331 aa  261  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 304 aa  259  3e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0588  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 301 aa  252  5.000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3160  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 316 aa  251  8.000000000000001e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 291 aa  250  2e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 310 aa  249  5e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 308 aa  248  9e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3026  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0264473 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1422  transcriptional regulator, LysR family  37.09 
 
 		 309 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0231  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 298 aa  226  4e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 296 aa  202  6e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 298 aa  199  7e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0915  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1985  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 330 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 298 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 335 aa  194  1e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 298 aa  192  7e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3459  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 324 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4063  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 324 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4303  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 324 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3963  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 324 aa  188  8e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3456  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 340 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.695325 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.44 
 
 		 302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 307 aa  182  8.000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 313 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  34.26 
 
 		 289 aa  181  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0549  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0269293 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 304 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 313 aa  176  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  31.77 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 303 aa  175  8e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 326 aa  174  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4725  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.51 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  30.43 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2703  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.637197 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 325 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0188  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 312 aa  172  5e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 313 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 313 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 313 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 310 aa  172  9e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 289 aa  170  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1586  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.274123  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 320 aa  170  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0347  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 308 aa  170  3e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.102697  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 304 aa  170  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 324 aa  170  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1233  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 311 aa  169  4e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.573429  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1300  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 301 aa  170  4e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  30.48 
 
 		 309 aa  169  5e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  169  5e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 337 aa  169  5e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 305 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0326  hypothetical protein  35.92 
 
 		 287 aa  169  7e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0327  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 308 aa  169  7e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.107285  normal  0.389567 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  29.43 
 
 		 313 aa  169  8e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 298 aa  168  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0348  hypothetical protein  35.56 
 
 		 289 aa  168  9e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  29.51 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 330 aa  168  1e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2317  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 315 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.618902  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 301 aa  166  2.9999999999999998e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 299 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 290 aa  166  4e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 307 aa  166  4e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>