More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5680 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010625  Bphy_5680  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  639    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.510006 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3270  transcriptional regulator, LysR family  65.5 
 
 		 316 aa  433  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0353308  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5829  LysR family transcriptional regulator  59.42 
 
 		 325 aa  392  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3856  LysR family transcriptional regulator  60.45 
 
 		 316 aa  382  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00676088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0981  LysR family transcriptional regulator  60.38 
 
 		 324 aa  379  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3333  LysR family transcriptional regulator  58.73 
 
 		 314 aa  375  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4811  LysR family transcriptional regulator  57.23 
 
 		 316 aa  354  1e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2535  transcription regulator protein  56.27 
 
 		 323 aa  352  5e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.155386 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1882  LysR family transcriptional regulator  57.88 
 
 		 311 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0601915 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1313  LysR family transcriptional regulator  57.56 
 
 		 311 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1352  LysR family transcriptional regulator  57.56 
 
 		 339 aa  351  1e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4577  LysR family transcriptional regulator  56.91 
 
 		 311 aa  348  4e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1411  LysR family transcriptional regulator  56.91 
 
 		 311 aa  348  5e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0951  LysR family transcriptional regulator  56.91 
 
 		 311 aa  348  5e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1433  LysR family transcriptional regulator  56.91 
 
 		 311 aa  348  5e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.765945  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3523  LysR family transcriptional regulator  56.55 
 
 		 319 aa  335  5.999999999999999e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0468645  normal  0.767514 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3823  LysR family transcriptional regulator  53.05 
 
 		 314 aa  326  4.0000000000000003e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.696274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4548  LysR family transcriptional regulator  49.85 
 
 		 352 aa  300  2e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3802  LysR family transcriptional regulator  49.07 
 
 		 331 aa  291  9e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0872771  normal  0.681533 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.24 
 
 		 335 aa  192  6e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 310 aa  185  9e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 320 aa  179  5.999999999999999e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 299 aa  178  8e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  177  1e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 294 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 313 aa  176  7e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 325 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.45 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 302 aa  172  5e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3026  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0264473 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  36.57 
 
 		 309 aa  168  8e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 328 aa  169  8e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1422  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 309 aa  167  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 399 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.05 
 
 		 304 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 299 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 299 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 294 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 299 aa  165  9e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.12 
 
 		 318 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.11 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2310  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.106098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0231  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 331 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 300 aa  162  5.0000000000000005e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 312 aa  162  6e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 312 aa  162  6e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 306 aa  162  6e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 299 aa  162  7e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001199  transcriptional regulator  30.74 
 
 		 309 aa  162  8.000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.862431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 301 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 317 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 324 aa  162  8.000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.66 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3692  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 305 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 306 aa  161  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  33.77 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4262  LysR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 350 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 305 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 305 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  30.56 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2821  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0445002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  30.41 
 
 		 309 aa  159  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 316 aa  159  4e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 301 aa  159  5e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>