More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3333 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3333  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  627  1e-179  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4811  LysR family transcriptional regulator  63.14 
 
 		 316 aa  378  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5680  LysR family transcriptional regulator  58.73 
 
 		 313 aa  375  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.510006 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3270  transcriptional regulator, LysR family  62.22 
 
 		 316 aa  374  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0353308  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5829  LysR family transcriptional regulator  58.68 
 
 		 325 aa  369  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0981  LysR family transcriptional regulator  60.38 
 
 		 324 aa  370  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2535  transcription regulator protein  63.14 
 
 		 323 aa  367  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.155386 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4577  LysR family transcriptional regulator  63.46 
 
 		 311 aa  364  1e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1313  LysR family transcriptional regulator  63.78 
 
 		 311 aa  363  2e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1433  LysR family transcriptional regulator  63.46 
 
 		 311 aa  363  3e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.765945  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1411  LysR family transcriptional regulator  63.46 
 
 		 311 aa  363  3e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0951  LysR family transcriptional regulator  63.46 
 
 		 311 aa  363  3e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1352  LysR family transcriptional regulator  63.46 
 
 		 339 aa  362  4e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1882  LysR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 311 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0601915 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3856  LysR family transcriptional regulator  53 
 
 		 316 aa  337  9.999999999999999e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00676088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3523  LysR family transcriptional regulator  57.61 
 
 		 319 aa  324  1e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0468645  normal  0.767514 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3823  LysR family transcriptional regulator  53.5 
 
 		 314 aa  311  6.999999999999999e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.696274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4548  LysR family transcriptional regulator  49.71 
 
 		 352 aa  284  1.0000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3802  LysR family transcriptional regulator  52.62 
 
 		 331 aa  282  5.000000000000001e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0872771  normal  0.681533 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 298 aa  192  9e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.53 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 298 aa  188  9e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.33 
 
 		 295 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 335 aa  179  5.999999999999999e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.84 
 
 		 318 aa  179  7e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 302 aa  172  5e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 295 aa  172  9e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4262  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 350 aa  171  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  38.6 
 
 		 299 aa  169  5e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 305 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.18 
 
 		 304 aa  169  8e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 331 aa  167  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3692  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.29 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 313 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 296 aa  166  5e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4608  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 305 aa  165  8e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.612778 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0231  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.87 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2042  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.579809 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 309 aa  164  3e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0225  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 309 aa  163  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 316 aa  162  6e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  34.81 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 313 aa  162  7e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.33 
 
 		 290 aa  162  7e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 299 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 298 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  35.94 
 
 		 290 aa  162  9e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 289 aa  162  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.78 
 
 		 298 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 316 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 316 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 324 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 301 aa  161  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 302 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33170  putative transcriptional regulator  31.25 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.162388  hitchhiker  0.0024503 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 301 aa  161  2e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 316 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 309 aa  160  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 305 aa  160  4e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>