More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4811 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4811  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  641    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2535  transcription regulator protein  81.88 
 
 		 323 aa  520  1e-147  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.155386 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4577  LysR family transcriptional regulator  82.2 
 
 		 311 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1433  LysR family transcriptional regulator  81.99 
 
 		 311 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.765945  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1411  LysR family transcriptional regulator  81.99 
 
 		 311 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0951  LysR family transcriptional regulator  81.99 
 
 		 311 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1313  LysR family transcriptional regulator  82.32 
 
 		 311 aa  503  1e-141  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1352  LysR family transcriptional regulator  81.35 
 
 		 339 aa  498  1e-140  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1882  LysR family transcriptional regulator  81.55 
 
 		 311 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0601915 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3333  LysR family transcriptional regulator  63.14 
 
 		 314 aa  378  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3270  transcriptional regulator, LysR family  61.09 
 
 		 316 aa  376  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0353308  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5680  LysR family transcriptional regulator  57.23 
 
 		 313 aa  354  1e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.510006 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0981  LysR family transcriptional regulator  58.6 
 
 		 324 aa  353  2e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5829  LysR family transcriptional regulator  55.41 
 
 		 325 aa  347  2e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3523  LysR family transcriptional regulator  57.41 
 
 		 319 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0468645  normal  0.767514 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3823  LysR family transcriptional regulator  57.23 
 
 		 314 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.696274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3856  LysR family transcriptional regulator  52.23 
 
 		 316 aa  323  2e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00676088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4548  LysR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 352 aa  308  5.9999999999999995e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3802  LysR family transcriptional regulator  54.21 
 
 		 331 aa  305  9.000000000000001e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0872771  normal  0.681533 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 305 aa  187  1e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  41.27 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 295 aa  186  4e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.84 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.98 
 
 		 335 aa  183  3e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 296 aa  183  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 309 aa  179  4e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.81 
 
 		 318 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 313 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.71 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 304 aa  178  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 312 aa  177  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 337 aa  176  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 313 aa  177  3e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 313 aa  177  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 328 aa  176  4e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 291 aa  176  5e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 307 aa  176  6e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 313 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 316 aa  174  9.999999999999999e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 292 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  34.14 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 293 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 298 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.93 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 291 aa  172  5e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 292 aa  172  5e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 292 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  34.14 
 
 		 313 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 293 aa  171  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 292 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 292 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 313 aa  170  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  36.49 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 298 aa  169  7e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.49 
 
 		 298 aa  169  7e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  34.36 
 
 		 313 aa  169  8e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  37.77 
 
 		 293 aa  168  9e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 295 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 301 aa  166  5.9999999999999996e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33170  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.162388  hitchhiker  0.0024503 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 302 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2820  transcriptional regulator  33.66 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.309503  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  34.13 
 
 		 289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.13 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  35.14 
 
 		 290 aa  164  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  36.18 
 
 		 290 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1233  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.573429  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 299 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>