More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A3523 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3523  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 319 aa  632  1e-180  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0468645  normal  0.767514 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3270  transcriptional regulator, LysR family  60.66 
 
 		 316 aa  355  5e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0353308  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4811  LysR family transcriptional regulator  57.41 
 
 		 316 aa  354  1e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2535  transcription regulator protein  56.92 
 
 		 323 aa  349  4e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.155386 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5680  LysR family transcriptional regulator  56.55 
 
 		 313 aa  348  7e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.510006 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1882  LysR family transcriptional regulator  61.31 
 
 		 311 aa  342  5e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0601915 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4577  LysR family transcriptional regulator  60.66 
 
 		 311 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3333  LysR family transcriptional regulator  57.61 
 
 		 314 aa  339  4e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1313  LysR family transcriptional regulator  60.66 
 
 		 311 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1352  LysR family transcriptional regulator  58.18 
 
 		 339 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1433  LysR family transcriptional regulator  60.33 
 
 		 311 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.765945  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1411  LysR family transcriptional regulator  60.33 
 
 		 311 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0951  LysR family transcriptional regulator  60.33 
 
 		 311 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0981  LysR family transcriptional regulator  56.04 
 
 		 324 aa  334  1e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4548  LysR family transcriptional regulator  53.64 
 
 		 352 aa  323  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3802  LysR family transcriptional regulator  56.19 
 
 		 331 aa  316  4e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0872771  normal  0.681533 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5829  LysR family transcriptional regulator  53.77 
 
 		 325 aa  316  4e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3856  LysR family transcriptional regulator  51.57 
 
 		 316 aa  313  2.9999999999999996e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00676088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3823  LysR family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 314 aa  298  8e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.696274  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 335 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 313 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 294 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 298 aa  195  9e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.2 
 
 		 318 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.18 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  38.68 
 
 		 295 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 303 aa  189  7e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 296 aa  188  9e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4262  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 350 aa  188  9e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 295 aa  188  1e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 298 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 296 aa  187  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 309 aa  186  6e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 304 aa  186  7e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.81 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.15 
 
 		 302 aa  182  8.000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  38.38 
 
 		 308 aa  182  9.000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 322 aa  181  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 295 aa  181  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3692  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 310 aa  179  4.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  38.11 
 
 		 309 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 296 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 316 aa  179  7e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 324 aa  178  9e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4627  transcriptional regulator, LysR family  37.7 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0397296  normal  0.257134 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 302 aa  176  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  39.45 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 298 aa  176  6e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  41.31 
 
 		 307 aa  176  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  35.33 
 
 		 302 aa  175  9e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  42.03 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48770  putative transcriptional regulator  36.58 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120965  hitchhiker  0.00000153166 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 293 aa  174  2.9999999999999996e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2152  LysR substrate-binding  40.58 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0841975  normal  0.836129 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2429  transcriptional regulator, LysR family  40.58 
 
 		 313 aa  172  5e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404715 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 310 aa  172  7.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2112  transcriptional regulator, LysR family  40.22 
 
 		 313 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.23 
 
 		 295 aa  171  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  39.13 
 
 		 293 aa  171  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>