More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3270 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3270  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 316 aa  637    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0353308  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5680  LysR family transcriptional regulator  65.5 
 
 		 313 aa  433  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.510006 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0981  LysR family transcriptional regulator  64.97 
 
 		 324 aa  395  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5829  LysR family transcriptional regulator  61.66 
 
 		 325 aa  387  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4811  LysR family transcriptional regulator  61.09 
 
 		 316 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2535  transcription regulator protein  61.15 
 
 		 323 aa  372  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.155386 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3333  LysR family transcriptional regulator  62.22 
 
 		 314 aa  374  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1882  LysR family transcriptional regulator  61.46 
 
 		 311 aa  368  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0601915 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4577  LysR family transcriptional regulator  61.41 
 
 		 311 aa  366  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1313  LysR family transcriptional regulator  61.74 
 
 		 311 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1433  LysR family transcriptional regulator  61.09 
 
 		 311 aa  364  1e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.765945  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1411  LysR family transcriptional regulator  61.09 
 
 		 311 aa  364  1e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0951  LysR family transcriptional regulator  61.09 
 
 		 311 aa  364  1e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1352  LysR family transcriptional regulator  61.09 
 
 		 339 aa  363  2e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3856  LysR family transcriptional regulator  56.27 
 
 		 316 aa  362  4e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00676088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3523  LysR family transcriptional regulator  60.66 
 
 		 319 aa  340  2e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0468645  normal  0.767514 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3823  LysR family transcriptional regulator  57.23 
 
 		 314 aa  338  5e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.696274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4548  LysR family transcriptional regulator  51.32 
 
 		 352 aa  306  2.0000000000000002e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3802  LysR family transcriptional regulator  55.81 
 
 		 331 aa  305  7e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0872771  normal  0.681533 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 296 aa  192  7e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  39.16 
 
 		 295 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 296 aa  185  8e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 295 aa  179  7e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 298 aa  178  9e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.63 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.7 
 
 		 335 aa  177  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2821  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0445002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 294 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2310  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.106098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 302 aa  172  5e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 305 aa  172  9e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1542  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 315 aa  171  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00182355  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 328 aa  171  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 299 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 299 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 306 aa  170  4e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 306 aa  169  5e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1233  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 311 aa  169  7e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.573429  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 316 aa  169  8e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  169  8e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 299 aa  168  9e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 322 aa  168  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0349  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 326 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2152  LysR substrate-binding  37.8 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0841975  normal  0.836129 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 317 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  33.11 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 313 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 399 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  30.61 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2112  transcriptional regulator, LysR family  40.47 
 
 		 313 aa  166  4e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2429  transcriptional regulator, LysR family  40.47 
 
 		 313 aa  166  5e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404715 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  38.95 
 
 		 296 aa  166  5e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 305 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 305 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 305 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5625  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 335 aa  165  8e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3692  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  36.68 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001199  transcriptional regulator  32.76 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.862431  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.34 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  36.12 
 
 		 309 aa  164  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 310 aa  163  5.0000000000000005e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 299 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0686  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 303 aa  162  6e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.866247  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01389  transcriptional regulator  31.19 
 
 		 306 aa  162  6e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.64 
 
 		 308 aa  162  8.000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 304 aa  162  8.000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0231  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 298 aa  162  9e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 304 aa  162  9e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.26 
 
 		 293 aa  162  9e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3605  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 306 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0939  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0593  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>