More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5625 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_5625  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 335 aa  663    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2821  LysR family transcriptional regulator  61.15 
 
 		 306 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0445002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2310  LysR family transcriptional regulator  62.74 
 
 		 306 aa  364  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.106098  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3605  LysR family transcriptional regulator  63.06 
 
 		 306 aa  364  1e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29440  LysR family transcriptional regulator  61.01 
 
 		 309 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6165  transcriptional regulator, LysR family  47.92 
 
 		 310 aa  287  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.516449  normal  0.771556 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  42.17 
 
 		 315 aa  242  7.999999999999999e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.05 
 
 		 335 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 301 aa  180  4e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 320 aa  179  8e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 298 aa  178  9e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  39.93 
 
 		 300 aa  176  6e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3513  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 310 aa  176  6e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  36.81 
 
 		 309 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 325 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 312 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 298 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 302 aa  172  9e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 342 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 320 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  37.09 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 295 aa  169  5e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 305 aa  169  6e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 306 aa  169  7e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.76 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5125  transcriptional regulator, LysR family  37.89 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.6 
 
 		 318 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1915  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.12 
 
 		 307 aa  166  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 305 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  34.32 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 312 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 322 aa  166  5.9999999999999996e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 312 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 333 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 297 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 296 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 309 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 301 aa  165  8e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 294 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3697  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 321 aa  165  9e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 294 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 		 299 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5378  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.519344  normal  0.589348 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 304 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3270  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 316 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0353308  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  41.2 
 
 		 314 aa  165  1.0000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.12 
 
 		 302 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  38.21 
 
 		 349 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 308 aa  164  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 349 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 311 aa  163  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 320 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 304 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 320 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 320 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.27 
 
 		 306 aa  162  6e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 298 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3856  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 316 aa  162  6e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00676088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  35.41 
 
 		 299 aa  162  6e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  35.41 
 
 		 299 aa  162  6e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 294 aa  162  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4608  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 305 aa  162  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.612778 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 304 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 311 aa  162  8.000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 305 aa  162  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 306 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 301 aa  162  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 305 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>