More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2821 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2821  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0445002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2310  LysR family transcriptional regulator  86.56 
 
 		 306 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.106098  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3605  LysR family transcriptional regulator  84.64 
 
 		 306 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29440  LysR family transcriptional regulator  66.99 
 
 		 309 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5625  LysR family transcriptional regulator  61.15 
 
 		 335 aa  378  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6165  transcriptional regulator, LysR family  50.66 
 
 		 310 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.516449  normal  0.771556 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  46.42 
 
 		 315 aa  268  1e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 305 aa  221  9e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 335 aa  204  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 328 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 310 aa  195  9e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  37.5 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.15 
 
 		 307 aa  192  5e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  38.95 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.87 
 
 		 304 aa  189  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 333 aa  189  5e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 302 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 295 aa  189  7e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  38.25 
 
 		 298 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 298 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 303 aa  187  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 320 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  36.88 
 
 		 302 aa  186  5e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 293 aa  186  5e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 298 aa  186  6e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 305 aa  185  7e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 299 aa  185  9e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  37.09 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  35.18 
 
 		 309 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 309 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  35.18 
 
 		 309 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.47 
 
 		 302 aa  182  8.000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 327 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 327 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3513  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 342 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 290 aa  180  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.89 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3692  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 304 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 304 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  41.85 
 
 		 555 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 307 aa  179  7e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 362 aa  179  7e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 309 aa  178  9e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 300 aa  178  9e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 311 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  35.02 
 
 		 309 aa  176  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 327 aa  177  3e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 307 aa  177  3e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 302 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 307 aa  177  3e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 302 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 302 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 307 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>