More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3802 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3802  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 331 aa  671    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0872771  normal  0.681533 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4548  LysR family transcriptional regulator  77.01 
 
 		 352 aa  494  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4811  LysR family transcriptional regulator  54.21 
 
 		 316 aa  323  3e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3270  transcriptional regulator, LysR family  55.81 
 
 		 316 aa  322  6e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0353308  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2535  transcription regulator protein  53.58 
 
 		 323 aa  318  7e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.155386 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3523  LysR family transcriptional regulator  55.45 
 
 		 319 aa  317  1e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0468645  normal  0.767514 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1882  LysR family transcriptional regulator  53.58 
 
 		 311 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0601915 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1313  LysR family transcriptional regulator  53.27 
 
 		 311 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5680  LysR family transcriptional regulator  49.07 
 
 		 313 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.510006 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4577  LysR family transcriptional regulator  53.89 
 
 		 311 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1352  LysR family transcriptional regulator  52.65 
 
 		 339 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1433  LysR family transcriptional regulator  52.65 
 
 		 311 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.765945  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1411  LysR family transcriptional regulator  52.65 
 
 		 311 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0951  LysR family transcriptional regulator  52.65 
 
 		 311 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0981  LysR family transcriptional regulator  51.25 
 
 		 324 aa  300  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5829  LysR family transcriptional regulator  49.22 
 
 		 325 aa  299  5e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3333  LysR family transcriptional regulator  52.62 
 
 		 314 aa  298  9e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3856  LysR family transcriptional regulator  45.34 
 
 		 316 aa  277  2e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00676088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3823  LysR family transcriptional regulator  47.35 
 
 		 314 aa  256  5e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.696274  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.73 
 
 		 335 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 303 aa  180  4e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 295 aa  177  3e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 295 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 299 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 324 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 307 aa  170  4e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 328 aa  169  4e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 299 aa  169  8e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  31.95 
 
 		 298 aa  169  9e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  36.58 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 307 aa  165  8e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 310 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.31 
 
 		 300 aa  162  9e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  31.11 
 
 		 302 aa  161  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 301 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  30.79 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  34.82 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 310 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4627  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 		 301 aa  160  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0397296  normal  0.257134 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 310 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 291 aa  159  5e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  33.01 
 
 		 293 aa  159  8e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  36.15 
 
 		 308 aa  159  9e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 322 aa  158  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1277  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.927239  normal  0.188653 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  36.12 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 304 aa  156  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 326 aa  156  6e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2429  transcriptional regulator, LysR family  34.54 
 
 		 313 aa  156  6e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404715 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 294 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  37.85 
 
 		 290 aa  155  7e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 305 aa  155  9e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 309 aa  155  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2112  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 313 aa  154  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 306 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 310 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 293 aa  155  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  34.02 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  29.81 
 
 		 307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  32.31 
 
 		 302 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  29.81 
 
 		 307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 317 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  32.56 
 
 		 289 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.27 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 299 aa  153  4e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>