More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1352 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1352  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 339 aa  682    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1313  LysR family transcriptional regulator  98.71 
 
 		 311 aa  616  1e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1433  LysR family transcriptional regulator  98.07 
 
 		 311 aa  613  1e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.765945  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0951  LysR family transcriptional regulator  98.07 
 
 		 311 aa  613  1e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1411  LysR family transcriptional regulator  98.07 
 
 		 311 aa  613  1e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4577  LysR family transcriptional regulator  97.42 
 
 		 311 aa  588  1e-167  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1882  LysR family transcriptional regulator  95.16 
 
 		 311 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0601915 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4811  LysR family transcriptional regulator  81.35 
 
 		 316 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2535  transcription regulator protein  79.68 
 
 		 323 aa  513  1e-144  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.155386 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3270  transcriptional regulator, LysR family  61.09 
 
 		 316 aa  377  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0353308  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3333  LysR family transcriptional regulator  63.46 
 
 		 314 aa  376  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5680  LysR family transcriptional regulator  57.56 
 
 		 313 aa  365  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.510006 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5829  LysR family transcriptional regulator  57.96 
 
 		 325 aa  360  3e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0981  LysR family transcriptional regulator  59.87 
 
 		 324 aa  358  9.999999999999999e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3523  LysR family transcriptional regulator  58.18 
 
 		 319 aa  335  9e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0468645  normal  0.767514 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3856  LysR family transcriptional regulator  53.97 
 
 		 316 aa  332  7.000000000000001e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00676088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3823  LysR family transcriptional regulator  56.77 
 
 		 314 aa  328  1.0000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.696274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4548  LysR family transcriptional regulator  49.71 
 
 		 352 aa  301  2e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3802  LysR family transcriptional regulator  53.27 
 
 		 331 aa  295  7e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0872771  normal  0.681533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 298 aa  199  5e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 296 aa  193  4e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 295 aa  192  7e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  40.8 
 
 		 309 aa  186  5e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 298 aa  186  6e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 293 aa  183  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 292 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.04 
 
 		 302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.15 
 
 		 307 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 292 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 292 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 291 aa  179  4e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 293 aa  179  8e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 309 aa  178  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 335 aa  177  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 317 aa  176  5e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 328 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 313 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 299 aa  172  9e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  37.68 
 
 		 295 aa  172  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2820  transcriptional regulator  33.79 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.309503  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  37.54 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  31.25 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 307 aa  170  4e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 307 aa  170  4e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.54 
 
 		 318 aa  169  5e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 337 aa  169  5e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 313 aa  169  5e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  34.88 
 
 		 305 aa  169  6e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 313 aa  169  7e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 312 aa  168  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  36.33 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4262  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 350 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  35.25 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33170  putative transcriptional regulator  33.45 
 
 		 304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.162388  hitchhiker  0.0024503 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 322 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1233  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.573429  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  34.88 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 292 aa  166  4e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 298 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  35.52 
 
 		 313 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 298 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 310 aa  166  8e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 313 aa  166  8e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 306 aa  165  8e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 296 aa  165  9e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.8 
 
 		 290 aa  165  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0231  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 313 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 313 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 313 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 289 aa  164  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 313 aa  164  3e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>