More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4262 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4262  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 350 aa  712    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  72.7 
 
 		 318 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  56.11 
 
 		 304 aa  353  4e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48770  putative transcriptional regulator  55.78 
 
 		 304 aa  349  4e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120965  hitchhiker  0.00000153166 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2820  transcriptional regulator  53.16 
 
 		 304 aa  347  3e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.309503  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33170  putative transcriptional regulator  52.82 
 
 		 304 aa  345  8e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.162388  hitchhiker  0.0024503 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  52.3 
 
 		 317 aa  315  9e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  42.52 
 
 		 308 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 295 aa  232  8.000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.13 
 
 		 299 aa  228  9e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 298 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 296 aa  228  2e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  40.97 
 
 		 298 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  42.21 
 
 		 305 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  42.12 
 
 		 335 aa  224  1e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 298 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  40.73 
 
 		 301 aa  220  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 305 aa  216  5.9999999999999996e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.53 
 
 		 304 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.64 
 
 		 307 aa  215  9.999999999999999e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4627  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0397296  normal  0.257134 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 303 aa  212  7e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.63 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 309 aa  209  5e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 291 aa  209  7e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 301 aa  206  6e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 294 aa  205  8e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 298 aa  205  8e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 305 aa  205  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  42.32 
 
 		 293 aa  204  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0327  LysR family transcriptional regulator  40.39 
 
 		 324 aa  204  2e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 294 aa  204  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 294 aa  204  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 300 aa  203  4e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 296 aa  203  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 298 aa  203  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  38.24 
 
 		 309 aa  202  6e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  38.62 
 
 		 302 aa  202  7e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 309 aa  201  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 316 aa  200  3e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.59 
 
 		 299 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  37.59 
 
 		 297 aa  199  6e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 301 aa  199  7e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 301 aa  199  7.999999999999999e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 299 aa  198  9e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 301 aa  197  3e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 313 aa  197  3e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 300 aa  197  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2362  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 315 aa  196  6e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 322 aa  196  6e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 		 301 aa  195  8.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  34.48 
 
 		 300 aa  195  1e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 310 aa  195  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1277  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 299 aa  195  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.927239  normal  0.188653 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 324 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 302 aa  194  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.83 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  36.3 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 299 aa  193  4e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 299 aa  193  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 302 aa  193  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 310 aa  193  4e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000050  transcriptional regulator LysR family  37.76 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.385466  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37120  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 310 aa  192  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0187077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 298 aa  192  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 399 aa  192  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 294 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3064  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 325 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 293 aa  190  4e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 304 aa  189  5e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>