More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2535 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2535  transcription regulator protein  100 
 
 		 323 aa  653    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.155386 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4811  LysR family transcriptional regulator  81.88 
 
 		 316 aa  520  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1352  LysR family transcriptional regulator  79.68 
 
 		 339 aa  498  1e-140  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4577  LysR family transcriptional regulator  80.97 
 
 		 311 aa  496  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1411  LysR family transcriptional regulator  80.97 
 
 		 311 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0951  LysR family transcriptional regulator  80.97 
 
 		 311 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1433  LysR family transcriptional regulator  80.97 
 
 		 311 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.765945  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1313  LysR family transcriptional regulator  80.65 
 
 		 311 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1882  LysR family transcriptional regulator  80.39 
 
 		 311 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0601915 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3270  transcriptional regulator, LysR family  61.15 
 
 		 316 aa  372  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0353308  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3333  LysR family transcriptional regulator  63.14 
 
 		 314 aa  367  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5680  LysR family transcriptional regulator  56.27 
 
 		 313 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.510006 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0981  LysR family transcriptional regulator  57.59 
 
 		 324 aa  351  1e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5829  LysR family transcriptional regulator  55.52 
 
 		 325 aa  349  3e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3523  LysR family transcriptional regulator  56.92 
 
 		 319 aa  332  8e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0468645  normal  0.767514 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3856  LysR family transcriptional regulator  53.21 
 
 		 316 aa  322  7e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00676088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3823  LysR family transcriptional regulator  55.81 
 
 		 314 aa  318  9e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.696274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4548  LysR family transcriptional regulator  50.29 
 
 		 352 aa  304  2.0000000000000002e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3802  LysR family transcriptional regulator  53.58 
 
 		 331 aa  300  2e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0872771  normal  0.681533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 298 aa  189  8e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 298 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 296 aa  186  6e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  40.46 
 
 		 309 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 295 aa  179  8e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.01 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 335 aa  175  7e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2820  transcriptional regulator  35.48 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.309503  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 337 aa  172  5e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 313 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 309 aa  172  6.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 312 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33170  putative transcriptional regulator  35.48 
 
 		 304 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.162388  hitchhiker  0.0024503 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 313 aa  170  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 293 aa  170  3e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  34.82 
 
 		 313 aa  170  4e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 328 aa  169  4e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 293 aa  169  5e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 316 aa  169  8e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 313 aa  169  8e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.15 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 313 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 307 aa  166  2.9999999999999998e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 313 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 313 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  35.14 
 
 		 313 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 304 aa  166  4e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 292 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 292 aa  166  5e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 291 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.38 
 
 		 318 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.11 
 
 		 302 aa  165  8e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 302 aa  165  8e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 313 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  36.03 
 
 		 293 aa  165  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 292 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 301 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  33.98 
 
 		 313 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 292 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  162  6e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1958  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 299 aa  161  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  31.32 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  37.22 
 
 		 307 aa  160  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 304 aa  159  4e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48770  putative transcriptional regulator  35.14 
 
 		 304 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120965  hitchhiker  0.00000153166 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 302 aa  159  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 295 aa  159  6e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 302 aa  159  7e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 307 aa  159  9e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 307 aa  159  9e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  34.82 
 
 		 304 aa  158  9e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  34.9 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  35.27 
 
 		 290 aa  158  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4209  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 298 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>