More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4548 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_4548  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 352 aa  713    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3802  LysR family transcriptional regulator  77.01 
 
 		 331 aa  494  9.999999999999999e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0872771  normal  0.681533 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4811  LysR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 316 aa  326  3e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3523  LysR family transcriptional regulator  53.64 
 
 		 319 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0468645  normal  0.767514 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3270  transcriptional regulator, LysR family  51.32 
 
 		 316 aa  323  3e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0353308  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2535  transcription regulator protein  50.29 
 
 		 323 aa  322  8e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.155386 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5680  LysR family transcriptional regulator  49.85 
 
 		 313 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.510006 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1313  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 311 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1411  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 311 aa  306  3e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1433  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 311 aa  306  3e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.765945  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0951  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 311 aa  306  3e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1352  LysR family transcriptional regulator  49.71 
 
 		 339 aa  305  6e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1882  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 311 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0601915 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4577  LysR family transcriptional regulator  49.71 
 
 		 311 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3333  LysR family transcriptional regulator  49.71 
 
 		 314 aa  301  1e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0981  LysR family transcriptional regulator  49.71 
 
 		 324 aa  300  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5829  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 325 aa  296  3e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3856  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 316 aa  280  2e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00676088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3823  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 314 aa  263  3e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.696274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 296 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 335 aa  184  3e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 295 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 303 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.52 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  40.25 
 
 		 309 aa  176  4e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 299 aa  176  5e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 305 aa  176  7e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 295 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.84 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 307 aa  174  2.9999999999999996e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 299 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 296 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 298 aa  170  4e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.58 
 
 		 293 aa  168  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 310 aa  168  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  39.59 
 
 		 290 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 313 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 328 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 324 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  37.24 
 
 		 289 aa  162  9e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 289 aa  160  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 302 aa  160  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 304 aa  159  5e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0939  transcriptional regulator, LysR family  29.38 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 299 aa  159  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 326 aa  159  7e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 299 aa  159  7e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 299 aa  159  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 305 aa  159  9e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 307 aa  159  9e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.98 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  30.24 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 294 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 322 aa  158  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  33.74 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.74 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 313 aa  157  3e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 312 aa  157  3e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 316 aa  157  3e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1277  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 299 aa  157  3e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.927239  normal  0.188653 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 313 aa  157  3e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 304 aa  156  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 289 aa  156  5.0000000000000005e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 310 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 313 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 307 aa  156  6e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 317 aa  156  6e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  36.97 
 
 		 318 aa  155  7e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.09 
 
 		 300 aa  155  7e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 310 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 310 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  36.6 
 
 		 289 aa  155  8e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 301 aa  155  9e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 313 aa  155  9e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 293 aa  155  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>