More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2112 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  620  1e-176  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  78.5 
 
 		 304 aa  482  1e-135  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  78.5 
 
 		 304 aa  483  1e-135  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  67.77 
 
 		 311 aa  424  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  63.28 
 
 		 313 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  60.46 
 
 		 306 aa  376  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  61.33 
 
 		 307 aa  377  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  63.27 
 
 		 309 aa  369  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  61.33 
 
 		 311 aa  366  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  61.72 
 
 		 303 aa  366  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  61.22 
 
 		 306 aa  358  6e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  59.34 
 
 		 306 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  61.15 
 
 		 302 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  62.41 
 
 		 303 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  61.17 
 
 		 306 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  60.88 
 
 		 306 aa  354  1e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  60.88 
 
 		 306 aa  354  1e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  61.22 
 
 		 310 aa  354  1e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  61.02 
 
 		 309 aa  353  2e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  56.85 
 
 		 307 aa  345  8e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  54.7 
 
 		 308 aa  337  9.999999999999999e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1230  LysR family transcriptional regulator  58.76 
 
 		 308 aa  316  3e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  52.05 
 
 		 306 aa  303  3.0000000000000004e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 305 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  50.99 
 
 		 308 aa  297  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 320 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  49 
 
 		 318 aa  295  6e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0846  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 237 aa  293  3e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 347 aa  290  1e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  47.75 
 
 		 300 aa  288  6e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 315 aa  287  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 315 aa  287  2e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 297 aa  287  2e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 314 aa  287  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  45.07 
 
 		 304 aa  258  9e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  45.7 
 
 		 311 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  43.89 
 
 		 308 aa  252  7e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 326 aa  238  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3552  LysR family transcriptional regulator  51.29 
 
 		 428 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.313254 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 307 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 305 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 307 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 307 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 307 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 330 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 304 aa  222  4.9999999999999996e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 335 aa  221  9e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 300 aa  220  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 307 aa  219  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 335 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 318 aa  219  5e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 342 aa  218  7e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 304 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.79 
 
 		 306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0753  LysR substrate binding domain-containing protein  47.74 
 
 		 276 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3701  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0764  LysR substrate binding domain-containing protein  46.09 
 
 		 274 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.908902  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 301 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 301 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 301 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0931  LysR family transcriptional regulator  46.09 
 
 		 360 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 321 aa  211  9e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 301 aa  211  9e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5815  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 318 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.416763 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 318 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 307 aa  208  8e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0968  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 302 aa  208  1e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3397  helix-turn-helix, Fis-type  42.14 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00341475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 362 aa  206  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5033  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40 
 
 		 319 aa  206  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 312 aa  205  6e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.39 
 
 		 304 aa  205  7e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 312 aa  205  8e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 		 318 aa  205  8e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 307 aa  204  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 333 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 307 aa  204  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6191  transcriptional regulator, LysR family  40.93 
 
 		 305 aa  203  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.395168  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3639  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 327 aa  203  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>