More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4284 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  614  1e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  55.18 
 
 		 308 aa  324  1e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  53.87 
 
 		 308 aa  321  8e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 297 aa  318  7e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  50.51 
 
 		 300 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  53.5 
 
 		 307 aa  310  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  52.2 
 
 		 311 aa  305  8.000000000000001e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 313 aa  302  6.000000000000001e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 314 aa  298  1e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 306 aa  291  9e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  47.65 
 
 		 318 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 320 aa  285  7e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 311 aa  282  6.000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 307 aa  280  2e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 309 aa  277  2e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 305 aa  276  4e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  47.14 
 
 		 306 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 347 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  50.51 
 
 		 309 aa  271  1e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 306 aa  269  4e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 306 aa  268  8e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 306 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 306 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 302 aa  268  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 306 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 310 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  46.82 
 
 		 311 aa  264  1e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 304 aa  262  4.999999999999999e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  45.76 
 
 		 303 aa  262  6e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  45.05 
 
 		 304 aa  261  8e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 315 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 315 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 326 aa  253  3e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 303 aa  249  3e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 308 aa  249  4e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 307 aa  246  3e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 305 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 305 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 305 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 305 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 305 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 305 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 335 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 342 aa  242  5e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  43.34 
 
 		 304 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1230  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 308 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  42.42 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  42.42 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  42.42 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 307 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 307 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 313 aa  233  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 303 aa  233  4.0000000000000004e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0426  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 321 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.144523  hitchhiker  0.000318501 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 335 aa  231  1e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 307 aa  230  3e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 330 aa  230  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 307 aa  230  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0374  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 321 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  normal  0.588563 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0367  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 321 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 307 aa  229  4e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0365  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 321 aa  228  7e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.916337 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 307 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  43.54 
 
 		 304 aa  227  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 318 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 318 aa  228  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 333 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3701  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 327 aa  223  4e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1757  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  40.88 
 
 		 313 aa  222  6e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000061659 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1511  LysR family substrate binding transcriptional regulator  40.88 
 
 		 313 aa  222  6e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1615  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 313 aa  222  6e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.502684  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 555 aa  221  9e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 		 300 aa  221  9e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  40.47 
 
 		 327 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 321 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 300 aa  220  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 301 aa  220  3e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3552  LysR family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 428 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.313254 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1844  transcriptional regulator, LysR family  42.09 
 
 		 307 aa  218  7e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6191  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 		 305 aa  218  7e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.395168  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2024  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 327 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 327 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>