More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3552 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3552  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 428 aa  858    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.313254 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  99.62 
 
 		 347 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  79.31 
 
 		 318 aa  388  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  75.74 
 
 		 320 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  64.96 
 
 		 314 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  54.15 
 
 		 308 aa  258  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 305 aa  250  4e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  50.22 
 
 		 300 aa  248  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  50.22 
 
 		 297 aa  248  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  51.53 
 
 		 313 aa  247  4e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  51.75 
 
 		 311 aa  239  6.999999999999999e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  50.65 
 
 		 307 aa  239  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  51.29 
 
 		 307 aa  233  4.0000000000000004e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  49.57 
 
 		 306 aa  225  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  50.21 
 
 		 315 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  50.21 
 
 		 315 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  48.71 
 
 		 307 aa  220  3e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 308 aa  219  6e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  48.47 
 
 		 304 aa  219  7.999999999999999e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  47.62 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 304 aa  217  2.9999999999999998e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 306 aa  216  5.9999999999999996e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 309 aa  215  9.999999999999999e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  49.57 
 
 		 310 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  49.57 
 
 		 306 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  49.57 
 
 		 306 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  47.41 
 
 		 311 aa  213  4.9999999999999996e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  48.28 
 
 		 309 aa  211  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 302 aa  209  6e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  44.54 
 
 		 304 aa  209  7e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  47.41 
 
 		 306 aa  207  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  43.48 
 
 		 311 aa  205  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 308 aa  204  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0753  LysR substrate binding domain-containing protein  58.99 
 
 		 276 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0764  LysR substrate binding domain-containing protein  56.74 
 
 		 274 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.908902  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0931  LysR family transcriptional regulator  57.87 
 
 		 360 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  45.06 
 
 		 308 aa  192  7e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 318 aa  192  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 335 aa  191  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 335 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  40.43 
 
 		 301 aa  190  4e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000622  transcriptional regulator  38.72 
 
 		 311 aa  189  5.999999999999999e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 		 304 aa  189  5.999999999999999e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  39.57 
 
 		 311 aa  188  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 321 aa  188  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.3 
 
 		 304 aa  187  4e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 307 aa  186  6e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 303 aa  186  7e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06494  transcriptional regulator  39.04 
 
 		 301 aa  185  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 330 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1230  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 308 aa  184  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 342 aa  183  5.0000000000000004e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0670  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 312 aa  182  7e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  40 
 
 		 306 aa  180  4e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 307 aa  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 326 aa  180  4e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 307 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 307 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  39.04 
 
 		 310 aa  179  8e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 310 aa  179  8e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  39.04 
 
 		 310 aa  179  8e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  39.04 
 
 		 310 aa  179  8e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  39.04 
 
 		 310 aa  179  8e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  39.04 
 
 		 310 aa  179  9e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 299 aa  179  9e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  39.04 
 
 		 310 aa  179  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 318 aa  179  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5815  transcriptional regulator, LysR family  38.5 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.416763 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 299 aa  177  4e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  39.04 
 
 		 307 aa  176  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5033  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.3 
 
 		 319 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 307 aa  176  9.999999999999999e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  39.04 
 
 		 307 aa  176  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 307 aa  176  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 307 aa  176  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  37.5 
 
 		 290 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 300 aa  172  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  38.53 
 
 		 300 aa  171  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 305 aa  171  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 301 aa  170  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 300 aa  170  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 303 aa  170  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  36.05 
 
 		 290 aa  170  4e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 324 aa  170  5e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>