More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5439 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  621  1e-177  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  98.69 
 
 		 306 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  95.08 
 
 		 310 aa  574  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  96.01 
 
 		 306 aa  570  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  96.69 
 
 		 302 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  96.01 
 
 		 306 aa  570  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  84.33 
 
 		 306 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  73.75 
 
 		 303 aa  461  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1230  LysR family transcriptional regulator  80 
 
 		 308 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  74.17 
 
 		 303 aa  442  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  72.39 
 
 		 311 aa  437  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  72.05 
 
 		 309 aa  433  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  69.28 
 
 		 306 aa  427  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  68.24 
 
 		 307 aa  428  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  69.02 
 
 		 309 aa  410  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  65.65 
 
 		 311 aa  402  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  62.54 
 
 		 304 aa  391  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 304 aa  392  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  63.79 
 
 		 313 aa  392  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  61.22 
 
 		 307 aa  374  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  58.33 
 
 		 308 aa  351  8.999999999999999e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  58.13 
 
 		 307 aa  345  5e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  52.82 
 
 		 305 aa  318  7e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  48.81 
 
 		 300 aa  311  9e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 297 aa  309  4e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  52.72 
 
 		 308 aa  308  8e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  52.6 
 
 		 306 aa  306  3e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 320 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 318 aa  296  4e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 314 aa  290  1e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  52.05 
 
 		 311 aa  289  4e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 347 aa  288  6e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 308 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  48.1 
 
 		 315 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  48.1 
 
 		 315 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  48.63 
 
 		 304 aa  275  8e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 308 aa  267  2e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0846  LysR family transcriptional regulator  50.54 
 
 		 237 aa  263  2e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 326 aa  256  3e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2024  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 301 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  44.1 
 
 		 307 aa  246  3e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  40.72 
 
 		 304 aa  239  5e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5820  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 301 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777062  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 		 318 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 313 aa  238  9e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 303 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 342 aa  235  5.0000000000000005e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 304 aa  235  9e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.71 
 
 		 304 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 301 aa  233  3e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 335 aa  228  7e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 307 aa  228  9e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 307 aa  228  9e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 335 aa  227  2e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 330 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 300 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 307 aa  223  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.75 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  38.75 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  38.75 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  38.75 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  38.75 
 
 		 310 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  38.75 
 
 		 310 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3552  LysR family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 428 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.313254 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 307 aa  219  5e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 318 aa  217  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6191  transcriptional regulator, LysR family  41.41 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.395168  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0753  LysR substrate binding domain-containing protein  46.67 
 
 		 276 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0365  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 321 aa  216  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.916337 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.15 
 
 		 307 aa  216  4e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 307 aa  216  4e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 307 aa  216  4e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 307 aa  216  4e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  37.15 
 
 		 307 aa  216  4e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 301 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 307 aa  216  4e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 307 aa  216  4e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 301 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 303 aa  215  7e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0367  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 321 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0426  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 321 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.144523  hitchhiker  0.000318501 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0374  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 321 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  normal  0.588563 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>