More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A0374 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A0374  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
321 aa  667    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  normal  0.588563 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0365  LysR family transcriptional regulator  99.69 
 
 
321 aa  663    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.916337 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0426  LysR family transcriptional regulator  99.69 
 
 
321 aa  663    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.144523  hitchhiker  0.000318501 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0367  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
321 aa  667    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 
321 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  46.74 
 
 
304 aa  276  5e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 
307 aa  275  6e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1298  transcriptional regulator, LysR family  43.84 
 
 
301 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  45.89 
 
 
307 aa  271  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 
307 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 
307 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  45.89 
 
 
330 aa  271  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 
326 aa  270  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  44.93 
 
 
307 aa  268  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  44.93 
 
 
307 aa  268  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 
307 aa  268  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  44.93 
 
 
307 aa  268  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 
307 aa  268  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 
307 aa  268  8.999999999999999e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 
307 aa  268  8.999999999999999e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  42.27 
 
 
310 aa  266  5e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 
307 aa  265  7e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.92 
 
 
310 aa  264  1e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  41.92 
 
 
310 aa  264  1e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  41.92 
 
 
310 aa  264  1e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  41.92 
 
 
310 aa  264  1e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 
313 aa  264  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  41.92 
 
 
310 aa  264  1e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  41.92 
 
 
310 aa  263  2e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 
335 aa  263  3e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 
342 aa  261  1e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  43.34 
 
 
318 aa  259  4e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1844  transcriptional regulator, LysR family  44.44 
 
 
307 aa  258  1e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 
305 aa  257  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 
305 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 
305 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 
305 aa  253  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 
335 aa  253  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 
305 aa  253  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 
305 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 
305 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 
318 aa  249  6e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 
300 aa  248  7e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1757  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  43.34 
 
 
313 aa  247  2e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000061659 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1511  LysR family substrate binding transcriptional regulator  43.34 
 
 
313 aa  247  2e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1615  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 
313 aa  247  2e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.502684  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  42.3 
 
 
308 aa  246  4.9999999999999997e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 
303 aa  242  7.999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5033  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.67 
 
 
319 aa  240  2e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5815  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 
318 aa  241  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.416763 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 
306 aa  237  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 
301 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.14 
 
 
304 aa  233  3e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
305 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 
308 aa  233  4.0000000000000004e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
307 aa  226  4e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 
300 aa  225  6e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 
314 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
315 aa  220  3e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
315 aa  220  3e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  38.97 
 
 
306 aa  218  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
308 aa  214  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 
303 aa  212  7e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 
297 aa  210  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 
311 aa  208  8e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 
311 aa  208  9e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
307 aa  208  1e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
320 aa  208  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
318 aa  207  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 
304 aa  207  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
347 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 
304 aa  207  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
313 aa  206  3e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
308 aa  206  3e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 
304 aa  206  4e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 
310 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 
306 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
306 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
306 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
306 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  37.09 
 
 
309 aa  201  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
303 aa  195  7e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 
311 aa  195  8.000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 
327 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
309 aa  194  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 
307 aa  192  7e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 
341 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
307 aa  188  9e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  33.92 
 
 
302 aa  186  5e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1230  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
308 aa  185  7e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
324 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3068  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 
338 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.254873  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1630  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
320 aa  179  4e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
310 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>