More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3592 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  621  1e-177  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  98.69 
 
 		 306 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  95.7 
 
 		 302 aa  567  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  94.1 
 
 		 310 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  95.02 
 
 		 306 aa  565  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  95.02 
 
 		 306 aa  565  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  84.28 
 
 		 306 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  73.65 
 
 		 303 aa  456  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1230  LysR family transcriptional regulator  80.27 
 
 		 308 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  72.39 
 
 		 311 aa  439  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  73.18 
 
 		 303 aa  436  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  72.05 
 
 		 309 aa  433  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  69.28 
 
 		 306 aa  429  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  68.49 
 
 		 307 aa  424  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  68.69 
 
 		 309 aa  410  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  65.53 
 
 		 311 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  62.88 
 
 		 304 aa  391  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  64.14 
 
 		 313 aa  394  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  62.88 
 
 		 304 aa  390  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  61.17 
 
 		 307 aa  370  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  58 
 
 		 308 aa  350  2e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  57.79 
 
 		 307 aa  344  1e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 305 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  48.29 
 
 		 300 aa  309  4e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 297 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  52.25 
 
 		 306 aa  305  7e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 308 aa  304  1.0000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 318 aa  295  4e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 320 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 314 aa  290  3e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  51.9 
 
 		 311 aa  288  1e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  48.1 
 
 		 347 aa  286  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 308 aa  282  4.0000000000000003e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 315 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 315 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  48.61 
 
 		 304 aa  273  3e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 308 aa  266  2.9999999999999995e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0846  LysR family transcriptional regulator  50.54 
 
 		 237 aa  263  2e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 326 aa  255  6e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2024  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 301 aa  247  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 307 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 305 aa  242  7e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5820  transcriptional regulator, LysR family  40.83 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777062  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  40.72 
 
 		 304 aa  236  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  42.27 
 
 		 318 aa  236  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 313 aa  236  4e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 303 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 342 aa  233  2.0000000000000002e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 304 aa  233  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.36 
 
 		 304 aa  232  5e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  41.32 
 
 		 301 aa  232  6e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 335 aa  226  3e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 307 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 335 aa  224  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 307 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 307 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.28 
 
 		 310 aa  222  6e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 310 aa  222  6e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  38.28 
 
 		 310 aa  222  6e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 300 aa  222  6e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  38.28 
 
 		 310 aa  222  6e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  38.28 
 
 		 310 aa  222  6e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 330 aa  222  7e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 307 aa  221  8e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  38.28 
 
 		 310 aa  221  9e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  38.28 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3552  LysR family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 428 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.313254 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 307 aa  219  5e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 307 aa  219  6e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 301 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 301 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6191  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 305 aa  215  9e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.395168  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.81 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  36.81 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0753  LysR substrate binding domain-containing protein  45.42 
 
 		 276 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 318 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0365  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.916337 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 301 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 310 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 327 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>