More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6389 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  648    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  87.87 
 
 		 320 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  77.53 
 
 		 347 aa  512  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  66.99 
 
 		 314 aa  434  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3552  LysR family transcriptional regulator  79.31 
 
 		 428 aa  388  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.313254 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  55.63 
 
 		 308 aa  343  2.9999999999999997e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  53.61 
 
 		 313 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  52.56 
 
 		 305 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 311 aa  326  3e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 307 aa  318  6e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 297 aa  315  9e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0753  LysR substrate binding domain-containing protein  63.49 
 
 		 276 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0931  LysR family transcriptional regulator  62.24 
 
 		 360 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0764  LysR substrate binding domain-containing protein  62.24 
 
 		 274 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.908902  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  49.49 
 
 		 304 aa  301  1e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 304 aa  299  4e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  46.42 
 
 		 300 aa  297  1e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  48.49 
 
 		 307 aa  296  2e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 309 aa  297  2e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  49 
 
 		 307 aa  295  6e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  48.97 
 
 		 303 aa  293  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 311 aa  293  2e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 308 aa  293  3e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  46.33 
 
 		 306 aa  290  2e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 306 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 310 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 306 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 306 aa  285  5e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  49.15 
 
 		 309 aa  284  1.0000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 306 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 302 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 306 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 303 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  48.95 
 
 		 315 aa  279  5e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  48.95 
 
 		 315 aa  279  5e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 306 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  47.65 
 
 		 308 aa  268  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 311 aa  252  7e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1230  LysR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 308 aa  251  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  41.81 
 
 		 304 aa  242  5e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 304 aa  238  9e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 313 aa  235  7e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 335 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 300 aa  233  3e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5033  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.41 
 
 		 319 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 318 aa  228  7e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 305 aa  228  7e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 305 aa  228  7e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 305 aa  228  7e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 305 aa  228  7e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 305 aa  228  7e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 305 aa  228  7e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 330 aa  227  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 318 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3068  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 338 aa  224  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.254873  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 321 aa  223  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 305 aa  222  7e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0846  LysR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 237 aa  221  9e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 326 aa  221  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 342 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 307 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 307 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 335 aa  219  5e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.72 
 
 		 307 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 307 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 307 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 307 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 307 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 307 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  37.72 
 
 		 307 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 314 aa  216  5e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 327 aa  216  5e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 303 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.21 
 
 		 310 aa  215  7e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  34.21 
 
 		 310 aa  215  7e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  34.21 
 
 		 310 aa  215  7e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  34.21 
 
 		 310 aa  215  7e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  34.21 
 
 		 310 aa  215  7e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 303 aa  215  7e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  34.21 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 327 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 327 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  34.21 
 
 		 310 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 301 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 301 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1630  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 320 aa  211  1e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>