More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C1230 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007953  Bxe_C1230  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
308 aa  633  1e-180  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  83.06 
 
 
306 aa  498  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  81.67 
 
 
310 aa  488  1e-137  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  81.67 
 
 
306 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  81.67 
 
 
306 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  80.27 
 
 
306 aa  479  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  80 
 
 
306 aa  478  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  80 
 
 
302 aa  479  1e-134  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  71.67 
 
 
303 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  71.72 
 
 
311 aa  429  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  71.04 
 
 
309 aa  422  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  69.7 
 
 
309 aa  418  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  67 
 
 
307 aa  418  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  67.47 
 
 
306 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  69.67 
 
 
303 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  61.64 
 
 
313 aa  385  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  63.92 
 
 
311 aa  385  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 
304 aa  374  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  62.54 
 
 
304 aa  373  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  58.76 
 
 
307 aa  357  9.999999999999999e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  55.1 
 
 
308 aa  333  2e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  55.02 
 
 
307 aa  332  7.000000000000001e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  47.14 
 
 
300 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 
305 aa  299  5e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 
297 aa  299  5e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 
306 aa  296  2e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  50.86 
 
 
308 aa  292  6e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 
320 aa  289  3e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  45.33 
 
 
318 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 
314 aa  281  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 
315 aa  279  5e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 
315 aa  279  5e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 
347 aa  278  8e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 
308 aa  271  8.000000000000001e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  47.6 
 
 
311 aa  269  2.9999999999999997e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0846  LysR family transcriptional regulator  50.54 
 
 
237 aa  266  2e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  46.23 
 
 
304 aa  264  1e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 
308 aa  256  4e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
326 aa  241  7.999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 
307 aa  236  5.0000000000000005e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 
335 aa  235  6e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 
305 aa  233  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 
307 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 
307 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 
307 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 
342 aa  229  3e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 
307 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 
330 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 
335 aa  227  2e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 
307 aa  226  3e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2024  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
301 aa  225  6e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 
304 aa  225  8e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
305 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
305 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
305 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
305 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
305 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5820  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 
301 aa  223  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777062  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
305 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 
318 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 
313 aa  222  8e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 
300 aa  218  7e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
321 aa  219  7e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3552  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 
428 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.313254 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  37.25 
 
 
310 aa  218  1e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0367  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 
321 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0426  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
321 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.144523  hitchhiker  0.000318501 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0374  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
321 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  normal  0.588563 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.91 
 
 
310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 
310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  36.91 
 
 
310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  36.91 
 
 
310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  36.91 
 
 
310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  36.91 
 
 
310 aa  216  4e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0365  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
321 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.916337 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3701  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 
304 aa  214  9.999999999999999e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3068  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 
338 aa  212  5.999999999999999e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.254873  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
318 aa  210  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
300 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
300 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
300 aa  209  4e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
300 aa  209  4e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
300 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
327 aa  209  5e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
327 aa  209  5e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5815  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 
318 aa  208  7e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.416763 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.81 
 
 
307 aa  208  8e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  36.81 
 
 
307 aa  208  8e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 
307 aa  208  8e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 
307 aa  208  8e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 
307 aa  208  8e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 
307 aa  208  8e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
303 aa  208  8e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 
307 aa  208  8e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5033  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.97 
 
 
319 aa  208  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 
304 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
310 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1630  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 
320 aa  206  4e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.33 
 
 
304 aa  206  5e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 
301 aa  205  7e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>