More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3175 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  632  1e-180  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  89.18 
 
 		 311 aa  546  1e-154  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  85.02 
 
 		 309 aa  520  1e-146  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  80.87 
 
 		 307 aa  512  1e-144  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  72.15 
 
 		 306 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  73.31 
 
 		 303 aa  456  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  71.28 
 
 		 311 aa  447  1.0000000000000001e-124  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  71.09 
 
 		 313 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  73.06 
 
 		 310 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  72.05 
 
 		 306 aa  436  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  71.19 
 
 		 306 aa  435  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  72.05 
 
 		 306 aa  436  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  72.73 
 
 		 306 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  72.73 
 
 		 306 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  71.72 
 
 		 302 aa  432  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  71.96 
 
 		 303 aa  431  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  66.56 
 
 		 304 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  66.89 
 
 		 304 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1230  LysR family transcriptional regulator  71.04 
 
 		 308 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  63.27 
 
 		 307 aa  383  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  59.6 
 
 		 308 aa  358  5e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  57.95 
 
 		 307 aa  348  5e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  56.46 
 
 		 305 aa  338  7e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  54.95 
 
 		 306 aa  328  7e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 308 aa  318  7e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 320 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 318 aa  310  2e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  48.47 
 
 		 300 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  52.72 
 
 		 314 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 297 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 315 aa  300  2e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 315 aa  300  2e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0846  LysR family transcriptional regulator  56.16 
 
 		 237 aa  299  5e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 347 aa  295  5e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  50.35 
 
 		 311 aa  291  1e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 308 aa  280  2e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 308 aa  276  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  46.18 
 
 		 304 aa  268  1e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 		 326 aa  265  8.999999999999999e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 307 aa  250  3e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 342 aa  243  3.9999999999999997e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 305 aa  237  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 301 aa  237  2e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 301 aa  237  2e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 301 aa  237  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 301 aa  237  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 333 aa  236  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 304 aa  236  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 301 aa  235  6e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 303 aa  233  4.0000000000000004e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 555 aa  231  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 313 aa  230  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  41.14 
 
 		 318 aa  230  3e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3552  LysR family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 428 aa  229  7e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.313254 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5820  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 301 aa  228  8e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777062  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 335 aa  227  2e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2024  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 301 aa  225  6e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 300 aa  225  7e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0968  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 330 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 301 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 305 aa  219  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 305 aa  219  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 305 aa  219  3e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 305 aa  219  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 305 aa  219  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 335 aa  220  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1630  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 320 aa  220  3e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 305 aa  219  3e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 310 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 310 aa  219  5e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  219  5e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 327 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40.07 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  40.07 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 327 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 327 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0753  LysR substrate binding domain-containing protein  47.23 
 
 		 276 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 327 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>