More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5656 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
306 aa  624  1e-178  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  84.67 
 
 
302 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  84.28 
 
 
306 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  84.33 
 
 
306 aa  503  1e-141  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  82.89 
 
 
306 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  82.89 
 
 
310 aa  502  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  82.89 
 
 
306 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1230  LysR family transcriptional regulator  83.06 
 
 
308 aa  471  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  73.33 
 
 
303 aa  461  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  73.06 
 
 
311 aa  441  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  68.81 
 
 
306 aa  434  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  71.19 
 
 
309 aa  433  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  71.62 
 
 
303 aa  429  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  68.24 
 
 
307 aa  424  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  69.21 
 
 
309 aa  421  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  64.78 
 
 
311 aa  407  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  64.14 
 
 
313 aa  395  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  61.97 
 
 
304 aa  388  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  61.97 
 
 
304 aa  389  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  59.34 
 
 
307 aa  372  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  56.86 
 
 
308 aa  346  2e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  56.95 
 
 
307 aa  344  1e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  48.65 
 
 
300 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 
306 aa  309  4e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 
305 aa  305  6e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  52.07 
 
 
308 aa  301  8.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 
297 aa  298  7e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  47.67 
 
 
320 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
314 aa  287  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 
318 aa  287  2e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 
315 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 
315 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 
347 aa  278  8e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  49.15 
 
 
311 aa  275  5e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  48.29 
 
 
304 aa  275  5e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  48.29 
 
 
308 aa  275  5e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0846  LysR family transcriptional regulator  51.96 
 
 
237 aa  270  2e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 
308 aa  269  5.9999999999999995e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 
326 aa  253  2.0000000000000002e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 
307 aa  248  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2024  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 
301 aa  242  5e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5820  transcriptional regulator, LysR family  40.96 
 
 
301 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777062  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 
342 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 
305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  42.18 
 
 
318 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 
335 aa  231  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 
302 aa  229  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 
313 aa  228  7e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 
304 aa  227  2e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 
335 aa  226  4e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
307 aa  225  6e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
307 aa  225  6e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
307 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 
305 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 
305 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 
305 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 
305 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 
305 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 
305 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
307 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 
330 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.540342 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.1 
 
 
310 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 
310 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  40.28 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 
304 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  38.1 
 
 
310 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  38.1 
 
 
310 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 
307 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  38.1 
 
 
310 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  38.1 
 
 
310 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3552  LysR family transcriptional regulator  47.41 
 
 
428 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.313254 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
300 aa  219  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  37.76 
 
 
310 aa  219  5e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.62 
 
 
304 aa  219  6e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.75 
 
 
307 aa  218  7.999999999999999e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 
307 aa  218  7.999999999999999e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  38.75 
 
 
307 aa  218  7.999999999999999e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 
307 aa  218  7.999999999999999e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 
307 aa  218  7.999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 
307 aa  218  1e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 
307 aa  218  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0426  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 
321 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.144523  hitchhiker  0.000318501 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0367  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 
321 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0374  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 
321 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  normal  0.588563 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6191  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 
305 aa  215  7e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.395168  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0365  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 
321 aa  215  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.916337 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5033  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.72 
 
 
319 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 
300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 
300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 
300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 
300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 
321 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 
302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 
302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 
300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 
302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
301 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 
327 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
301 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>