More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH74115_4372 on replicon NC_011353
Organism: Escherichia coli O157:H7 str. EC4115



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  99.68 
 
 
310 aa  643    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  99.68 
 
 
310 aa  643    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  99.35 
 
 
310 aa  642    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  100 
 
 
310 aa  645    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  99.68 
 
 
310 aa  643    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  99.68 
 
 
310 aa  643    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  99.68 
 
 
310 aa  643    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  52.26 
 
 
304 aa  314  9.999999999999999e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3238  transcriptional regulator, truncation  99.33 
 
 
149 aa  312  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.214454  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 
321 aa  310  1e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 
342 aa  308  5.9999999999999995e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 
335 aa  300  1e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  48.68 
 
 
318 aa  298  7e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  50.35 
 
 
313 aa  298  9e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  47.65 
 
 
326 aa  298  1e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 
305 aa  297  1e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  48.8 
 
 
307 aa  296  4e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  48.63 
 
 
330 aa  296  4e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1757  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  49.33 
 
 
313 aa  295  5e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000061659 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  48.8 
 
 
307 aa  295  5e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1511  LysR family substrate binding transcriptional regulator  49.33 
 
 
313 aa  295  5e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1615  LysR family transcriptional regulator  49 
 
 
313 aa  293  2e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.502684  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 
307 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 
307 aa  292  5e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 
307 aa  292  5e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 
335 aa  291  9e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  49.14 
 
 
307 aa  291  1e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 
305 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 
307 aa  291  1e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 
305 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 
307 aa  291  1e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 
305 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 
307 aa  291  1e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 
307 aa  291  1e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 
305 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 
305 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  49.14 
 
 
307 aa  291  1e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  49.14 
 
 
307 aa  291  1e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 
305 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 
300 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.08 
 
 
304 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  43.89 
 
 
303 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  46.37 
 
 
301 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1844  transcriptional regulator, LysR family  49.14 
 
 
307 aa  278  7e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0367  transcriptional regulator, LysR family  41.92 
 
 
321 aa  263  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0374  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 
321 aa  263  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  normal  0.588563 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0426  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 
321 aa  263  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.144523  hitchhiker  0.000318501 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0365  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 
321 aa  262  4.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.916337 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 
318 aa  257  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5815  transcriptional regulator, LysR family  42.25 
 
 
318 aa  251  7e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.416763 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1298  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 
301 aa  251  1e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5033  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.59 
 
 
319 aa  237  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 
315 aa  231  9e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 
315 aa  231  9e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 
308 aa  231  1e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
314 aa  231  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 
307 aa  229  6e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 
300 aa  224  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
297 aa  222  8e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 
320 aa  221  9e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  39.8 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 
347 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
305 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  39.35 
 
 
313 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
308 aa  216  5e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
318 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
302 aa  209  6e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 
311 aa  209  7e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  38.29 
 
 
306 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  38.29 
 
 
306 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  38.29 
 
 
306 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 
306 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
306 aa  206  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 
310 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
306 aa  205  6e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 
303 aa  205  6e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 
304 aa  203  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  36.5 
 
 
304 aa  203  4e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 
307 aa  202  4e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 
307 aa  201  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 
309 aa  200  1.9999999999999998e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
311 aa  196  5.000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2024  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
301 aa  195  7e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 
306 aa  195  8.000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 
305 aa  195  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5820  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 
301 aa  193  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777062  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3068  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 
338 aa  192  6e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.254873  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 
311 aa  191  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
309 aa  190  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  36.71 
 
 
298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  34.91 
 
 
309 aa  189  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 
308 aa  189  4e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  36.71 
 
 
298 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 
308 aa  186  3e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1230  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
308 aa  186  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 
298 aa  185  9e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 
303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  34.84 
 
 
303 aa  183  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  32.75 
 
 
302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 
303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>