More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_3353 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  99.68 
 
 
310 aa  644    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  99.68 
 
 
310 aa  644    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  99.68 
 
 
310 aa  644    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  99.68 
 
 
310 aa  644    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  99.68 
 
 
310 aa  644    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  100 
 
 
310 aa  645    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  99.35 
 
 
310 aa  642    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  51.92 
 
 
304 aa  312  3.9999999999999997e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3238  transcriptional regulator, truncation  98.66 
 
 
149 aa  311  1e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.214454  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 
342 aa  310  2e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 
321 aa  308  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 
335 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 
307 aa  297  1e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  48.97 
 
 
330 aa  297  2e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 
307 aa  297  2e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
313 aa  296  3e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  48.36 
 
 
318 aa  296  3e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  47.32 
 
 
326 aa  296  4e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1757  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  49.33 
 
 
313 aa  295  6e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000061659 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1511  LysR family substrate binding transcriptional regulator  49.33 
 
 
313 aa  295  6e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 
305 aa  295  7e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 
307 aa  295  9e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 
307 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 
335 aa  293  2e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 
307 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1615  LysR family transcriptional regulator  49 
 
 
313 aa  293  3e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.502684  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 
305 aa  292  4e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 
305 aa  292  4e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 
305 aa  292  4e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 
305 aa  292  4e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 
305 aa  292  4e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 
305 aa  292  4e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  48.8 
 
 
307 aa  289  3e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  48.8 
 
 
307 aa  289  3e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  48.8 
 
 
307 aa  289  3e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  48.8 
 
 
307 aa  289  3e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  48.8 
 
 
307 aa  289  3e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  48.8 
 
 
307 aa  289  3e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  48.8 
 
 
307 aa  289  3e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  46.49 
 
 
300 aa  288  1e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.74 
 
 
304 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  43.56 
 
 
303 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  46.37 
 
 
301 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1844  transcriptional regulator, LysR family  48.8 
 
 
307 aa  277  2e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0374  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 
321 aa  266  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  normal  0.588563 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0367  transcriptional regulator, LysR family  42.27 
 
 
321 aa  266  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0426  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 
321 aa  265  8e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.144523  hitchhiker  0.000318501 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0365  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 
321 aa  262  4.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.916337 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 
318 aa  256  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5815  transcriptional regulator, LysR family  42.61 
 
 
318 aa  251  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.416763 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1298  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 
301 aa  251  1e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5033  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.25 
 
 
319 aa  232  5e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 
315 aa  231  9e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 
315 aa  231  9e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 
308 aa  231  1e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
314 aa  230  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
307 aa  227  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 
300 aa  224  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
297 aa  223  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 
320 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  39.46 
 
 
306 aa  220  3e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 
347 aa  219  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
305 aa  218  7e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  38.99 
 
 
313 aa  215  7e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
318 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
302 aa  209  6e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  38.29 
 
 
306 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
306 aa  208  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 
306 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
311 aa  207  2e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  38.29 
 
 
306 aa  207  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  38.29 
 
 
306 aa  207  3e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 
310 aa  205  7e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 
303 aa  205  7e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 
306 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 
304 aa  202  9e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  36.13 
 
 
304 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
309 aa  199  6e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2024  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 
301 aa  197  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5820  transcriptional regulator, LysR family  35.82 
 
 
301 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777062  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
311 aa  194  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3068  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
338 aa  194  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.254873  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 
306 aa  194  2e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 
305 aa  194  2e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 
311 aa  192  8e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 
309 aa  189  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 
308 aa  189  5e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 
298 aa  189  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 
309 aa  188  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1230  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 
308 aa  187  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 
298 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 
298 aa  185  9e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 
303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 
308 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1630  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  34.84 
 
 
303 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  32.75 
 
 
302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>