More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3385 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  630  1e-180  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  630  1e-180  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  55.44 
 
 		 308 aa  311  6.999999999999999e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 311 aa  302  4.0000000000000003e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  50.68 
 
 		 300 aa  301  1e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 307 aa  301  1e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 313 aa  293  2e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 309 aa  290  3e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  53.17 
 
 		 314 aa  290  3e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  51.58 
 
 		 305 aa  288  9e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 307 aa  287  2e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 297 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 306 aa  285  5e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 		 304 aa  285  5.999999999999999e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  49.14 
 
 		 304 aa  284  1.0000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  51.21 
 
 		 311 aa  284  1.0000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  49.65 
 
 		 303 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  47.9 
 
 		 320 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 347 aa  281  1e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  51.51 
 
 		 308 aa  281  1e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  48.95 
 
 		 318 aa  280  3e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  48.62 
 
 		 306 aa  279  6e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  51.72 
 
 		 309 aa  276  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 307 aa  270  2e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  48.1 
 
 		 306 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 306 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 306 aa  269  4e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 306 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 310 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 306 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 302 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 303 aa  265  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 326 aa  249  5e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1230  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 308 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  44.29 
 
 		 304 aa  247  2e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 321 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  44.98 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 308 aa  241  2e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 300 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  44.06 
 
 		 313 aa  238  8e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  43.15 
 
 		 304 aa  236  4e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  42.37 
 
 		 318 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 342 aa  233  2.0000000000000002e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 308 aa  233  4.0000000000000004e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.96 
 
 		 310 aa  232  6e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  41.96 
 
 		 310 aa  232  6e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  41.96 
 
 		 310 aa  232  6e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  41.96 
 
 		 310 aa  232  6e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  41.96 
 
 		 310 aa  232  6e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  41.52 
 
 		 310 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  41.96 
 
 		 310 aa  232  8.000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 307 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 307 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.75 
 
 		 307 aa  231  9e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 307 aa  231  9e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  41.75 
 
 		 307 aa  231  9e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 305 aa  231  9e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 307 aa  231  9e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 307 aa  231  9e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 307 aa  228  9e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 307 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 330 aa  227  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3552  LysR family transcriptional regulator  50.21 
 
 		 428 aa  225  6e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.313254 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 307 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 307 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 335 aa  224  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  42.46 
 
 		 335 aa  223  4e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.24 
 
 		 304 aa  222  6e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1844  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 307 aa  221  9e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  40.49 
 
 		 301 aa  221  9e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0365  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 321 aa  221  9e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.916337 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0374  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 321 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  normal  0.588563 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0367  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 321 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 314 aa  219  3.9999999999999997e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  44.32 
 
 		 304 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0426  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 321 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.144523  hitchhiker  0.000318501 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 324 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1757  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  40.85 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000061659 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 303 aa  213  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1615  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.502684  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1511  LysR family substrate binding transcriptional regulator  40.85 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.3 
 
 		 306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 318 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5815  transcriptional regulator, LysR family  39.44 
 
 		 318 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.416763 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 307 aa  211  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 302 aa  209  5e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 310 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 555 aa  207  2e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 298 aa  207  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 310 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 310 aa  206  4e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 325 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>