More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1615 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_1615  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  647    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.502684  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1757  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  99.68 
 
 		 313 aa  645    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000061659 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1511  LysR family substrate binding transcriptional regulator  99.68 
 
 		 313 aa  645    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  74.58 
 
 		 307 aa  480  1e-134  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  74.58 
 
 		 307 aa  479  1e-134  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  74.58 
 
 		 307 aa  480  1e-134  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  74.58 
 
 		 307 aa  480  1e-134  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  74.58 
 
 		 307 aa  480  1e-134  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  74.58 
 
 		 307 aa  480  1e-134  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  74.58 
 
 		 307 aa  479  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1844  transcriptional regulator, LysR family  74.25 
 
 		 307 aa  461  1e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  61.54 
 
 		 303 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  59.14 
 
 		 326 aa  379  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  58.72 
 
 		 301 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  57.76 
 
 		 304 aa  364  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  57.1 
 
 		 342 aa  363  2e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  55.81 
 
 		 313 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  57.19 
 
 		 318 aa  354  1e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  55.99 
 
 		 305 aa  352  4e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  55.99 
 
 		 305 aa  352  4e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  55.99 
 
 		 305 aa  352  4e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  55.99 
 
 		 305 aa  352  4e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  55.99 
 
 		 305 aa  352  4e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  55.99 
 
 		 305 aa  352  4e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  55.02 
 
 		 335 aa  349  3e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  56.61 
 
 		 304 aa  348  6e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  56.76 
 
 		 305 aa  348  7e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 300 aa  346  3e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  56.01 
 
 		 307 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 307 aa  341  7e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  55.67 
 
 		 307 aa  340  2e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  55.67 
 
 		 330 aa  339  4e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  56.01 
 
 		 307 aa  339  4e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  55.67 
 
 		 335 aa  339  4e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  56.01 
 
 		 307 aa  339  4e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  53.04 
 
 		 321 aa  338  7e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  49.03 
 
 		 318 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  49 
 
 		 310 aa  305  6e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  49 
 
 		 310 aa  305  6e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  49 
 
 		 310 aa  305  6e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  49 
 
 		 310 aa  305  6e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  49 
 
 		 310 aa  305  6e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  49 
 
 		 310 aa  305  9.000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  49 
 
 		 310 aa  304  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5033  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.83 
 
 		 319 aa  301  1e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5815  transcriptional regulator, LysR family  46.43 
 
 		 318 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.416763 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1298  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 		 301 aa  264  1e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0365  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 321 aa  263  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.916337 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0374  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 321 aa  264  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  normal  0.588563 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0426  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 321 aa  263  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.144523  hitchhiker  0.000318501 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0367  transcriptional regulator, LysR family  43.34 
 
 		 321 aa  264  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 307 aa  248  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 		 308 aa  245  6.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  41.26 
 
 		 300 aa  237  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 314 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 305 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 315 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 315 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 304 aa  223  4e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 304 aa  222  7e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 297 aa  222  8e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 320 aa  218  7e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 318 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  37.41 
 
 		 306 aa  215  8e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 347 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 311 aa  212  5.999999999999999e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 311 aa  211  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 311 aa  210  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 306 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 302 aa  207  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 309 aa  206  3e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 313 aa  206  3e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 306 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 306 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 310 aa  205  9e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.45 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 307 aa  196  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 307 aa  196  6e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 301 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 304 aa  195  9e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  36.45 
 
 		 312 aa  194  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 324 aa  192  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 312 aa  192  6e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>