More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3120 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 330 aa  659    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  99.67 
 
 		 307 aa  610  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  95.41 
 
 		 307 aa  589  1e-167  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  90.71 
 
 		 335 aa  590  1e-167  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  95.41 
 
 		 307 aa  589  1e-167  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  95.08 
 
 		 307 aa  587  1e-167  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  95.08 
 
 		 307 aa  587  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  85.45 
 
 		 335 aa  551  1e-156  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  85.81 
 
 		 305 aa  526  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  85.81 
 
 		 305 aa  526  1e-148  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  85.81 
 
 		 305 aa  526  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  85.81 
 
 		 305 aa  526  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  85.81 
 
 		 305 aa  526  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  85.81 
 
 		 305 aa  526  1e-148  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  75.66 
 
 		 318 aa  461  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  75.84 
 
 		 305 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  75.66 
 
 		 313 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  73.29 
 
 		 300 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  64.59 
 
 		 326 aa  400  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  63.67 
 
 		 342 aa  397  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  57.43 
 
 		 307 aa  352  5e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  57.43 
 
 		 307 aa  352  5e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  57.43 
 
 		 307 aa  352  7e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  57.43 
 
 		 307 aa  352  7e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  57.43 
 
 		 307 aa  352  7e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  57.43 
 
 		 307 aa  352  7e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  57.43 
 
 		 307 aa  352  7e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  54.67 
 
 		 304 aa  350  1e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1844  transcriptional regulator, LysR family  57.77 
 
 		 307 aa  342  4e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  51.68 
 
 		 321 aa  335  7.999999999999999e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  56.76 
 
 		 303 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  56.76 
 
 		 304 aa  328  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1615  LysR family transcriptional regulator  55.67 
 
 		 313 aa  328  7e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.502684  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1511  LysR family substrate binding transcriptional regulator  55.67 
 
 		 313 aa  328  9e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1757  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  55.67 
 
 		 313 aa  328  9e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000061659 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  55.48 
 
 		 301 aa  322  7e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5033  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  52.68 
 
 		 319 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  48.97 
 
 		 310 aa  297  2e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 318 aa  297  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  48.63 
 
 		 310 aa  296  4e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  48.63 
 
 		 310 aa  296  4e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  48.63 
 
 		 310 aa  296  4e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  48.63 
 
 		 310 aa  296  4e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  48.63 
 
 		 310 aa  296  4e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  48.63 
 
 		 310 aa  296  5e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5815  transcriptional regulator, LysR family  48.1 
 
 		 318 aa  278  8e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.416763 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0367  transcriptional regulator, LysR family  45.89 
 
 		 321 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0374  LysR family transcriptional regulator  45.89 
 
 		 321 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  normal  0.588563 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0426  LysR family transcriptional regulator  45.89 
 
 		 321 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.144523  hitchhiker  0.000318501 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0365  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 321 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.916337 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1298  transcriptional regulator, LysR family  43.49 
 
 		 301 aa  266  5e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 306 aa  258  7e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 308 aa  256  4e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 305 aa  252  6e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 313 aa  248  7e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  44.72 
 
 		 307 aa  248  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  43.71 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  44.14 
 
 		 300 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 304 aa  240  2e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  43.45 
 
 		 304 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 314 aa  237  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 311 aa  236  6e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  41.53 
 
 		 303 aa  233  5e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 320 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 303 aa  231  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 315 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 315 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 318 aa  227  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 347 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 307 aa  223  4e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 314 aa  219  3.9999999999999997e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 306 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 306 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  40.28 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  41.25 
 
 		 309 aa  215  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 308 aa  215  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 311 aa  215  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 289 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 306 aa  210  3e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 309 aa  210  3e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 311 aa  209  4e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 313 aa  208  8e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  42.07 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 307 aa  206  3e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3068  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 338 aa  206  5e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.254873  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 313 aa  205  7e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  42.07 
 
 		 298 aa  205  9e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 331 aa  205  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 303 aa  205  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 324 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1786  transcriptional regulator, LysR family  40.8 
 
 		 315 aa  204  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>