More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1786 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1786  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 315 aa  627  1e-179  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3068  LysR family transcriptional regulator  67.43 
 
 		 338 aa  426  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.254873  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1630  LysR family transcriptional regulator  66.12 
 
 		 320 aa  416  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 306 aa  216  5e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 342 aa  212  7e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 313 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 308 aa  209  6e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  38.67 
 
 		 318 aa  205  8e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.81 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 320 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 321 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 330 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 335 aa  202  5e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 307 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 313 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 307 aa  199  5e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2024  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  38.59 
 
 		 300 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 307 aa  195  8.000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 300 aa  195  9e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 318 aa  195  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 335 aa  195  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  35.97 
 
 		 306 aa  193  4e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 315 aa  192  7e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 315 aa  192  7e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5820  transcriptional regulator, LysR family  35.2 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777062  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 347 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 304 aa  190  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5815  transcriptional regulator, LysR family  36.09 
 
 		 318 aa  189  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.416763 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 301 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 301 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 301 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 327 aa  188  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 309 aa  187  3e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 311 aa  187  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 314 aa  187  3e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 303 aa  186  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 301 aa  185  7e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 311 aa  185  7e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 307 aa  185  8e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 309 aa  185  8e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.57 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  35.57 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  35.57 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5033  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.07 
 
 		 319 aa  183  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 318 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 301 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 307 aa  183  4.0000000000000006e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0426  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.144523  hitchhiker  0.000318501 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 298 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  39.51 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.46 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  36.72 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0367  transcriptional regulator, LysR family  35.22 
 
 		 321 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 306 aa  179  4e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  34.64 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0374  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 321 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  normal  0.588563 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3701  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 304 aa  179  4.999999999999999e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  36.67 
 
 		 309 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5970  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 317 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.167101 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 324 aa  179  5.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 306 aa  178  8e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>