More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1630 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1630  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  643    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3068  LysR family transcriptional regulator  78.95 
 
 		 338 aa  513  1e-144  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.254873  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1786  transcriptional regulator, LysR family  66.12 
 
 		 315 aa  416  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  44.92 
 
 		 300 aa  237  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 305 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 313 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 311 aa  218  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 297 aa  216  5e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  40.26 
 
 		 306 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 314 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 320 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 318 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  41.46 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 307 aa  209  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 342 aa  208  1e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 321 aa  205  7e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 318 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.68 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 315 aa  202  4e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 315 aa  202  4e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 347 aa  202  5e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 309 aa  202  5e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 335 aa  202  8e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 326 aa  199  5e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 305 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 305 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 305 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 305 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 305 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 305 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 311 aa  198  9e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2024  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.93 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 330 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 300 aa  196  6e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 303 aa  195  7e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5820  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777062  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 307 aa  192  6e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 306 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 306 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.55 
 
 		 307 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  35.55 
 
 		 307 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 307 aa  190  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 307 aa  190  2e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 335 aa  191  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  35.55 
 
 		 307 aa  190  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 325 aa  189  5e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 314 aa  189  5e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 303 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 304 aa  189  5.999999999999999e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 306 aa  189  7e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 306 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 311 aa  188  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 300 aa  187  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 327 aa  185  8e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1844  transcriptional regulator, LysR family  35.88 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  35.92 
 
 		 309 aa  185  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  35.69 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 324 aa  183  4.0000000000000006e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 318 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.35 
 
 		 310 aa  182  7e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 310 aa  182  7e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  35.35 
 
 		 310 aa  182  7e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  35.35 
 
 		 310 aa  182  7e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>