More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5391 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
347 aa  711    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3552  LysR family transcriptional regulator  99.62 
 
 
428 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.313254 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  77.53 
 
 
318 aa  512  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  76.24 
 
 
320 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  67.11 
 
 
314 aa  411  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  52.22 
 
 
305 aa  322  6e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  52.56 
 
 
308 aa  321  9.999999999999999e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  51.68 
 
 
311 aa  320  3e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  51.2 
 
 
313 aa  317  3e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 
297 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  48.83 
 
 
307 aa  298  7e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0753  LysR substrate binding domain-containing protein  62.66 
 
 
276 aa  295  6e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  47.92 
 
 
300 aa  294  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 
307 aa  290  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  47.16 
 
 
307 aa  287  2e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0764  LysR substrate binding domain-containing protein  61.41 
 
 
274 aa  286  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.908902  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  47.6 
 
 
303 aa  287  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 
310 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 
306 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 
306 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0931  LysR family transcriptional regulator  61.41 
 
 
360 aa  286  4e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  47.12 
 
 
304 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  47.46 
 
 
306 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 
304 aa  282  6.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 
309 aa  281  1e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 
315 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 
308 aa  280  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 
315 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  48.12 
 
 
309 aa  280  3e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 
306 aa  278  7e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 
302 aa  277  2e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 
306 aa  275  6e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 
311 aa  275  6e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  47.24 
 
 
303 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 
306 aa  273  3e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 
306 aa  265  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 
311 aa  260  2e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 
304 aa  259  7e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 
308 aa  257  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 
308 aa  247  3e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1230  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 
308 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
313 aa  236  6e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 
304 aa  235  1.0000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 
335 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 
318 aa  233  5e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
303 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
321 aa  229  4e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 
326 aa  229  5e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 
301 aa  229  7e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 
303 aa  229  7e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 
318 aa  228  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 
342 aa  226  5.0000000000000005e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
307 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 
330 aa  226  6e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 
300 aa  224  1e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 
305 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 
305 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 
305 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 
305 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 
305 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 
307 aa  224  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000622  transcriptional regulator  37.09 
 
 
311 aa  224  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 
305 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.46 
 
 
304 aa  223  4e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 
335 aa  223  4e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.08 
 
 
306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.6 
 
 
310 aa  220  3e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  38.6 
 
 
310 aa  220  3e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  38.6 
 
 
310 aa  220  3e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  38.6 
 
 
310 aa  220  3e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  38.6 
 
 
310 aa  220  3e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  38.6 
 
 
310 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  38.6 
 
 
310 aa  219  5e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.75 
 
 
307 aa  218  1e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 
307 aa  218  1e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
307 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  38.75 
 
 
307 aa  218  1e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 
307 aa  218  1e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 
307 aa  218  1e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 
307 aa  218  1e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  37.58 
 
 
311 aa  218  1e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 
307 aa  218  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
307 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
307 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
305 aa  218  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06494  transcriptional regulator  37.04 
 
 
301 aa  216  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3701  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 
304 aa  214  9.999999999999999e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3068  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 
338 aa  215  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.254873  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5033  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.51 
 
 
319 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5815  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 
318 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.416763 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 
327 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
324 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
301 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
301 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
301 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 
327 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
301 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 
305 aa  211  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>