More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1028 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 309 aa  628  1e-179  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  85.02 
 
 		 309 aa  518  1e-146  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  81.82 
 
 		 311 aa  508  1e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  75.25 
 
 		 307 aa  479  1e-134  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  72.97 
 
 		 303 aa  448  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  69.23 
 
 		 306 aa  438  9.999999999999999e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  68.92 
 
 		 311 aa  427  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  69.21 
 
 		 306 aa  422  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  67.12 
 
 		 313 aa  421  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  71.28 
 
 		 303 aa  419  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  69.7 
 
 		 306 aa  414  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  69.7 
 
 		 306 aa  414  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  68.69 
 
 		 306 aa  411  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  69.7 
 
 		 310 aa  414  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  69.02 
 
 		 306 aa  411  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  68.35 
 
 		 302 aa  407  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1230  LysR family transcriptional regulator  69.7 
 
 		 308 aa  395  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  63.73 
 
 		 304 aa  389  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  64.07 
 
 		 304 aa  389  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  61.02 
 
 		 307 aa  366  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  59.6 
 
 		 308 aa  355  3.9999999999999996e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  58.48 
 
 		 307 aa  342  7e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  56.61 
 
 		 306 aa  339  4e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  56.85 
 
 		 305 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  54.95 
 
 		 308 aa  308  6.999999999999999e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 320 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 297 aa  301  1e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  52.2 
 
 		 314 aa  300  3e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 318 aa  297  1e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  46.46 
 
 		 300 aa  295  5e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 347 aa  294  1e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 315 aa  287  2e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 315 aa  287  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  49.32 
 
 		 311 aa  284  2.0000000000000002e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0846  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 237 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 308 aa  271  7e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 308 aa  271  7e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  46.18 
 
 		 304 aa  268  5.9999999999999995e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 326 aa  256  5e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 307 aa  243  3.9999999999999997e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 342 aa  238  1e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 305 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 335 aa  227  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 335 aa  225  6e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 313 aa  225  6e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2024  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 301 aa  225  7e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  41.33 
 
 		 318 aa  225  8e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3552  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 428 aa  225  9e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.313254 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 330 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5820  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777062  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 300 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 307 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 307 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 307 aa  222  7e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 307 aa  222  7e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3701  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 304 aa  220  3e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0764  LysR substrate binding domain-containing protein  48.94 
 
 		 274 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.908902  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0753  LysR substrate binding domain-containing protein  48.51 
 
 		 276 aa  218  7e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 304 aa  219  7e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5033  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.4 
 
 		 319 aa  217  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 301 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 301 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 301 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 301 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 305 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 305 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0931  LysR family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 360 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 305 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 305 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 305 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 305 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 333 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 303 aa  215  9e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 318 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 301 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.62 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 327 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  37.62 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 327 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  37.62 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 310 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 307 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 307 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 310 aa  211  9e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 327 aa  211  9e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0426  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 321 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.144523  hitchhiker  0.000318501 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 321 aa  211  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0374  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 321 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  normal  0.588563 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0367  transcriptional regulator, LysR family  37.09 
 
 		 321 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 310 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>