More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02329 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  100 
 
 		 306 aa  621  1e-177  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  70.37 
 
 		 307 aa  439  9.999999999999999e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  71.15 
 
 		 311 aa  439  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  72.15 
 
 		 309 aa  436  1e-121  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  66.45 
 
 		 311 aa  419  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  67.69 
 
 		 303 aa  419  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  69.23 
 
 		 309 aa  417  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  68.81 
 
 		 306 aa  414  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  70.65 
 
 		 310 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  70.31 
 
 		 306 aa  411  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  70.31 
 
 		 306 aa  411  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  69.05 
 
 		 306 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  64.14 
 
 		 313 aa  409  1e-113  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  69.28 
 
 		 306 aa  408  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  68.47 
 
 		 302 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  66.33 
 
 		 303 aa  397  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  61.51 
 
 		 304 aa  388  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  61.84 
 
 		 304 aa  389  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  60.46 
 
 		 307 aa  376  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1230  LysR family transcriptional regulator  67.47 
 
 		 308 aa  374  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  59.17 
 
 		 307 aa  353  2e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  57.09 
 
 		 308 aa  346  2e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  54.24 
 
 		 306 aa  334  1e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  53.24 
 
 		 305 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  55.29 
 
 		 308 aa  319  3.9999999999999996e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  49.32 
 
 		 300 aa  311  1e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  52.53 
 
 		 314 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  47.85 
 
 		 320 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  48.97 
 
 		 297 aa  301  1e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 318 aa  290  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 347 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0846  LysR family transcriptional regulator  51.94 
 
 		 237 aa  280  2e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 315 aa  278  7e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 315 aa  278  7e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  48.96 
 
 		 311 aa  275  9e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  46.71 
 
 		 304 aa  265  8.999999999999999e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 308 aa  263  3e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 308 aa  261  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 307 aa  247  2e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 326 aa  241  7.999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 342 aa  233  2.0000000000000002e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5820  transcriptional regulator, LysR family  38.72 
 
 		 301 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777062  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 303 aa  229  5e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2024  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 301 aa  228  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3552  LysR family transcriptional regulator  49.57 
 
 		 428 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.313254 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 302 aa  225  7e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  223  4e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3068  LysR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 338 aa  223  4e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.254873  normal  0.274067 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  39.8 
 
 		 310 aa  222  6e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 310 aa  222  6e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  39.8 
 
 		 310 aa  222  6e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  39.8 
 
 		 310 aa  222  6e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  39.8 
 
 		 310 aa  222  6e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 		 327 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  39.8 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.2 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 335 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 325 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5033  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.47 
 
 		 319 aa  220  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 310 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  39.46 
 
 		 310 aa  220  3e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 325 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 335 aa  219  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 310 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 310 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 318 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 307 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3701  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 321 aa  219  5e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 327 aa  219  5e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 304 aa  219  5e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 341 aa  218  7e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 307 aa  218  7e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 307 aa  218  7e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0374  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 321 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  normal  0.588563 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0367  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 321 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 330 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0426  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 321 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.144523  hitchhiker  0.000318501 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0365  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 321 aa  216  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.916337 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1630  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 320 aa  216  5e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 307 aa  215  8e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 310 aa  215  9e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 318 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.2 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 310 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5815  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 318 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.416763 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 307 aa  212  7e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 310 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 300 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 300 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 310 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 300 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 300 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>