More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3639 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3639  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 294 aa  588  1e-167  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3397  helix-turn-helix, Fis-type  93.2 
 
 		 294 aa  552  1e-156  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00341475  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6191  transcriptional regulator, LysR family  64.38 
 
 		 305 aa  386  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.395168  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0968  LysR family transcriptional regulator  64.29 
 
 		 302 aa  382  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3485  LysR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 308 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.271812  normal  0.0178536 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5304  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 323 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.968375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 307 aa  250  2e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1608  LysR family transcriptional regulator  42.77 
 
 		 317 aa  247  2e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000207955  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3701  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 304 aa  244  9e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2553  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 319 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.450292 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2708  putative transcription regulator protein  44.01 
 
 		 374 aa  236  4e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0946983 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2024  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 301 aa  235  6e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5820  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 301 aa  228  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777062  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 297 aa  223  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3950  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 319 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.181955 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 308 aa  222  7e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3570  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 319 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.176673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 313 aa  215  7e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 311 aa  210  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 304 aa  206  4e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5910  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 		 306 aa  205  6e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 320 aa  205  8e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 307 aa  204  1e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 305 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 307 aa  202  7e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 303 aa  202  8e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 308 aa  201  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 347 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 306 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5970  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 317 aa  197  3e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.167101 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 318 aa  196  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 310 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 308 aa  195  7e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  37.85 
 
 		 306 aa  195  9e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 333 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 303 aa  192  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 304 aa  192  7e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 301 aa  192  8e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.23 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 311 aa  191  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 314 aa  189  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 308 aa  189  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 555 aa  185  8e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 342 aa  185  8e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 326 aa  185  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 318 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3068  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 338 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.254873  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 330 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 335 aa  179  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 307 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1630  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 320 aa  179  4.999999999999999e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.93 
 
 		 304 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 307 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 311 aa  178  7e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1786  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 315 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 331 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 307 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 305 aa  175  6e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 305 aa  175  6e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 305 aa  175  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 305 aa  175  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 305 aa  175  6e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 305 aa  175  6e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 304 aa  175  7e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.78 
 
 		 311 aa  175  8e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 315 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 315 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 335 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 331 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  34.74 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 314 aa  169  4e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>