More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2708 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2708  putative transcription regulator protein  100 
 
 		 374 aa  743    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0946983 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5304  LysR family transcriptional regulator  60.35 
 
 		 323 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.968375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3485  LysR family transcriptional regulator  59.65 
 
 		 308 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.271812  normal  0.0178536 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2553  LysR family transcriptional regulator  59.09 
 
 		 319 aa  351  1e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.450292 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5910  transcriptional regulator, LysR family  61.75 
 
 		 306 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3950  LysR family transcriptional regulator  59.79 
 
 		 319 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.181955 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3570  LysR family transcriptional regulator  59.44 
 
 		 319 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.176673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3701  LysR family transcriptional regulator  47.55 
 
 		 304 aa  246  4e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6191  transcriptional regulator, LysR family  47.02 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.395168  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3639  transcriptional regulator, LysR family  44.01 
 
 		 294 aa  236  6e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0968  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3397  helix-turn-helix, Fis-type  42.91 
 
 		 294 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00341475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5820  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 301 aa  230  3e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777062  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 307 aa  230  3e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2024  LysR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 301 aa  220  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1608  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 317 aa  211  1e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000207955  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5970  LysR family transcriptional regulator  48.6 
 
 		 317 aa  211  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.167101 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  41.42 
 
 		 308 aa  194  3e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 297 aa  192  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 300 aa  190  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 303 aa  182  9.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  36.71 
 
 		 308 aa  179  5.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 306 aa  179  8e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 320 aa  176  7e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 311 aa  176  8e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 307 aa  175  9e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 318 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  40.42 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 347 aa  172  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 		 303 aa  169  6e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  35.46 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 335 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 304 aa  166  8e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 326 aa  163  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 312 aa  163  5.0000000000000005e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  35.61 
 
 		 310 aa  162  6e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 308 aa  162  9e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  35.23 
 
 		 310 aa  162  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 330 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  33.65 
 
 		 312 aa  162  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 301 aa  162  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 307 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  35.23 
 
 		 310 aa  161  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.23 
 
 		 310 aa  161  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 310 aa  161  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  35.23 
 
 		 310 aa  161  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  35.23 
 
 		 310 aa  161  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3068  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 338 aa  161  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.254873  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 303 aa  160  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 307 aa  159  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 335 aa  158  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 307 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 327 aa  157  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 327 aa  157  4e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 342 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 300 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 300 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 300 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 300 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 300 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 327 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 307 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 307 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 324 aa  155  9e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 311 aa  154  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 325 aa  153  4e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 300 aa  153  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 306 aa  153  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 310 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  35.94 
 
 		 318 aa  152  8e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 305 aa  152  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  35.17 
 
 		 307 aa  151  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 309 aa  152  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 307 aa  151  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 300 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 314 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 303 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  34.28 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>