More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5304 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_5304  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  649    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.968375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3485  LysR family transcriptional regulator  99.03 
 
 		 308 aa  614  1e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.271812  normal  0.0178536 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2553  LysR family transcriptional regulator  91.08 
 
 		 319 aa  574  1.0000000000000001e-163  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.450292 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3950  LysR family transcriptional regulator  89.34 
 
 		 319 aa  544  1e-154  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.181955 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3570  LysR family transcriptional regulator  88.4 
 
 		 319 aa  540  1e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.176673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5910  transcriptional regulator, LysR family  63.28 
 
 		 306 aa  371  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2708  putative transcription regulator protein  60.35 
 
 		 374 aa  357  9.999999999999999e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0946983 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6191  transcriptional regulator, LysR family  46.23 
 
 		 305 aa  259  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.395168  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0968  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 302 aa  255  9e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3397  helix-turn-helix, Fis-type  43.33 
 
 		 294 aa  253  3e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00341475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 307 aa  253  3e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3701  LysR family transcriptional regulator  44.77 
 
 		 304 aa  251  1e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3639  transcriptional regulator, LysR family  43.33 
 
 		 294 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1608  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 317 aa  251  1e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000207955  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5820  transcriptional regulator, LysR family  43.65 
 
 		 301 aa  246  4e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777062  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2024  LysR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 301 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5970  LysR family transcriptional regulator  46.45 
 
 		 317 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.167101 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 297 aa  208  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 307 aa  206  6e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 		 308 aa  194  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 313 aa  193  4e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 311 aa  192  5e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 320 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 304 aa  189  5e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  38.03 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 318 aa  186  6e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  38 
 
 		 311 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 308 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 335 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1630  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 320 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 347 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 307 aa  179  5.999999999999999e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  35.64 
 
 		 306 aa  178  9e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3068  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 338 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.254873  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 308 aa  177  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1786  transcriptional regulator, LysR family  37.82 
 
 		 315 aa  176  5e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 314 aa  176  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 330 aa  175  8e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 307 aa  175  8e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 308 aa  172  7.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 304 aa  172  9e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 335 aa  172  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  36.53 
 
 		 309 aa  169  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 304 aa  169  5e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 311 aa  169  8e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 313 aa  169  9e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 333 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 342 aa  167  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  33.45 
 
 		 310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  33.45 
 
 		 310 aa  165  8e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.45 
 
 		 310 aa  165  9e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 310 aa  165  9e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  33.45 
 
 		 310 aa  165  9e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  33.45 
 
 		 310 aa  165  9e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  33.45 
 
 		 310 aa  165  9e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.64 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 301 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 325 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 304 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 327 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 306 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 304 aa  162  9e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 306 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 324 aa  161  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 306 aa  161  1e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 318 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 303 aa  162  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 312 aa  160  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>