More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3485 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3485  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  617  1e-176  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.271812  normal  0.0178536 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5304  LysR family transcriptional regulator  99.03 
 
 		 323 aa  614  1e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.968375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2553  LysR family transcriptional regulator  90.91 
 
 		 319 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.450292 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3950  LysR family transcriptional regulator  90.91 
 
 		 319 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.181955 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3570  LysR family transcriptional regulator  89.94 
 
 		 319 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.176673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5910  transcriptional regulator, LysR family  62.62 
 
 		 306 aa  368  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2708  putative transcription regulator protein  59.65 
 
 		 374 aa  356  2.9999999999999997e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0946983 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6191  transcriptional regulator, LysR family  45.89 
 
 		 305 aa  258  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.395168  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0968  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 302 aa  256  5e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3397  helix-turn-helix, Fis-type  43.67 
 
 		 294 aa  255  7e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00341475  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3639  transcriptional regulator, LysR family  43.67 
 
 		 294 aa  253  3e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1608  LysR family transcriptional regulator  41.93 
 
 		 317 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000207955  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3701  LysR family transcriptional regulator  44.77 
 
 		 304 aa  250  2e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 307 aa  250  2e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5820  transcriptional regulator, LysR family  43 
 
 		 301 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777062  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2024  LysR family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 301 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5970  LysR family transcriptional regulator  46.45 
 
 		 317 aa  211  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.167101 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 297 aa  206  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 307 aa  205  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 311 aa  192  7e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  37.81 
 
 		 308 aa  191  9e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 313 aa  190  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 300 aa  189  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 305 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 320 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  37.68 
 
 		 304 aa  187  3e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 335 aa  181  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 307 aa  179  7e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1630  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 320 aa  179  8e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  35.64 
 
 		 306 aa  177  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 347 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 308 aa  176  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3068  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 338 aa  176  6e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.254873  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1786  transcriptional regulator, LysR family  37.82 
 
 		 315 aa  176  6e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 330 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 314 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 335 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 303 aa  170  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 307 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  36.53 
 
 		 309 aa  169  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 307 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 333 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 342 aa  167  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 306 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 301 aa  165  8e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  32.76 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.64 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 325 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 301 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  35.18 
 
 		 318 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.41 
 
 		 310 aa  162  6e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 310 aa  162  6e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  32.41 
 
 		 310 aa  162  6e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  32.41 
 
 		 310 aa  162  6e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  32.41 
 
 		 310 aa  162  6e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  32.41 
 
 		 310 aa  162  7e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 301 aa  162  7e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 306 aa  162  9e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 309 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 304 aa  162  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 312 aa  160  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 315 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 555 aa  160  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>