More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5774 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  607  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  98.69 
 
 		 305 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  94.75 
 
 		 305 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  94.75 
 
 		 305 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  95.08 
 
 		 305 aa  578  1e-164  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  94.43 
 
 		 305 aa  574  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  94.43 
 
 		 305 aa  574  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3692  LysR family transcriptional regulator  87.87 
 
 		 305 aa  523  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4608  LysR family transcriptional regulator  84.92 
 
 		 305 aa  507  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.612778 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  62.25 
 
 		 305 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  58.59 
 
 		 299 aa  341  1e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 304 aa  330  1e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  53.54 
 
 		 302 aa  329  3e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  55.92 
 
 		 304 aa  329  4e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  56.71 
 
 		 311 aa  329  4e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0981  transcriptional regulator, LysR family  57.48 
 
 		 307 aa  325  6e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0786  LysR family transcriptional regulator  56.23 
 
 		 301 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  52.46 
 
 		 322 aa  285  5e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1284  LysR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 315 aa  282  5.000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.821306  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  52.16 
 
 		 302 aa  276  3e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  51.68 
 
 		 301 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  48.2 
 
 		 307 aa  273  3e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  48.01 
 
 		 307 aa  272  5.000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2112  transcriptional regulator, LysR family  52.49 
 
 		 313 aa  271  7e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2152  LysR substrate-binding  52.49 
 
 		 313 aa  271  1e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0841975  normal  0.836129 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2429  transcriptional regulator, LysR family  52.16 
 
 		 313 aa  269  5e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404715 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 302 aa  269  5e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 310 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 310 aa  268  7e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 310 aa  268  7e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 307 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 324 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2812  LysR family transcriptional regulator  49.34 
 
 		 305 aa  263  2e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.110516 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 325 aa  263  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0968  LysR family transcriptional regulator  48.67 
 
 		 308 aa  259  4e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.564507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1169  transcriptional regulator, LysR family  46.18 
 
 		 308 aa  243  3e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  42.71 
 
 		 335 aa  239  5.999999999999999e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0562  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 311 aa  225  6e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.293612 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 298 aa  223  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 296 aa  223  4e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.78 
 
 		 307 aa  222  7e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  39.8 
 
 		 302 aa  222  7e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 295 aa  221  9e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 299 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 310 aa  215  5.9999999999999996e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.5 
 
 		 305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 307 aa  212  4.9999999999999996e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.21 
 
 		 295 aa  212  5.999999999999999e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 302 aa  210  3e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3233  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 308 aa  203  3e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.277987 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 301 aa  202  5e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  40.33 
 
 		 308 aa  202  7e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 313 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  41.41 
 
 		 293 aa  199  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 299 aa  199  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  36.7 
 
 		 302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  36.64 
 
 		 289 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 301 aa  198  7.999999999999999e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  42.4 
 
 		 298 aa  198  9e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 297 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 289 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 294 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 307 aa  196  6e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 307 aa  196  6e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  35.86 
 
 		 290 aa  193  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.37 
 
 		 289 aa  194  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 322 aa  193  3e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6165  transcriptional regulator, LysR family  40.28 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.516449  normal  0.771556 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  36.77 
 
 		 289 aa  193  4e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 310 aa  192  4e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 306 aa  192  5e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 313 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 294 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 		 315 aa  191  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.5 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  38.56 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 351 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 351 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.67 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 289 aa  190  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 295 aa  190  2e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 351 aa  191  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 351 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>