More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_1169 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_1169  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
308 aa  618  1e-176  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  55.85 
 
 
302 aa  350  2e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  57.76 
 
 
324 aa  347  1e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  54.93 
 
 
325 aa  346  2e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  55.05 
 
 
307 aa  344  1e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  57.1 
 
 
307 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  55.12 
 
 
310 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  55.12 
 
 
310 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  55.12 
 
 
310 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  56.67 
 
 
301 aa  335  7e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  54.13 
 
 
307 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  54.79 
 
 
302 aa  322  7e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  55.3 
 
 
322 aa  319  5e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2812  LysR family transcriptional regulator  51.99 
 
 
305 aa  311  6.999999999999999e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.110516 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2429  transcriptional regulator, LysR family  53.8 
 
 
313 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0404715 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2112  transcriptional regulator, LysR family  53.47 
 
 
313 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2152  LysR substrate-binding  53.47 
 
 
313 aa  302  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0841975  normal  0.836129 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1284  LysR family transcriptional regulator  52.98 
 
 
315 aa  301  6.000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.821306  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  53.02 
 
 
304 aa  293  2e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  52.68 
 
 
311 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 
304 aa  288  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  52.01 
 
 
302 aa  286  4e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0968  LysR family transcriptional regulator  52.13 
 
 
308 aa  275  6e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.564507  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3233  LysR family transcriptional regulator  47.7 
 
 
308 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.277987 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  47.47 
 
 
299 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0786  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 
301 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  46.51 
 
 
305 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0981  transcriptional regulator, LysR family  52.2 
 
 
307 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 
305 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 
305 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 
305 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 
305 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  45.85 
 
 
305 aa  258  9e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 
305 aa  257  1e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4608  LysR family transcriptional regulator  46.2 
 
 
305 aa  246  4e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.612778 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  45.87 
 
 
305 aa  244  9e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3692  LysR family transcriptional regulator  44.85 
 
 
305 aa  241  1e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.44 
 
 
305 aa  218  8.999999999999998e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  43.28 
 
 
309 aa  215  7e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
310 aa  214  9.999999999999999e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  43.61 
 
 
298 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 
306 aa  207  1e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.62 
 
 
299 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 
305 aa  207  2e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
303 aa  207  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.34 
 
 
335 aa  203  3e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  41.97 
 
 
298 aa  203  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
322 aa  202  6e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  39.74 
 
 
308 aa  200  3e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
301 aa  199  5e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.58 
 
 
307 aa  199  5e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.95 
 
 
302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 
307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0562  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 
311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.293612 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
298 aa  197  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
301 aa  196  6e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
301 aa  195  7e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  37.25 
 
 
302 aa  195  1e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
313 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 
300 aa  194  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 
298 aa  192  6e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
301 aa  192  6e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  37.04 
 
 
297 aa  192  8e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 
315 aa  192  8e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 
298 aa  192  8e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 
294 aa  192  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
302 aa  192  9e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 
304 aa  191  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
300 aa  191  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 
307 aa  190  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
299 aa  191  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
304 aa  191  2e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
300 aa  190  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 
307 aa  190  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
302 aa  189  4e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 
299 aa  189  4e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  40.29 
 
 
304 aa  189  7e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1066  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
298 aa  188  8e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.567936  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
309 aa  188  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 
313 aa  188  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 
304 aa  188  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 
310 aa  188  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 
303 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2774  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 
298 aa  187  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00446959 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
301 aa  186  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 
301 aa  186  5e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
303 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
303 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 
301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 
298 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
301 aa  185  1.0000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.89 
 
 
300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 
298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 
298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>