More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2774 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2774  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  610  9.999999999999999e-175  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446959 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1066  LysR family transcriptional regulator  70.47 
 
 		 298 aa  449  1e-125  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.567936  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  43.43 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4511  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 303 aa  216  4e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 298 aa  215  8e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.67 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 298 aa  210  3e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3906  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 307 aa  209  3e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 302 aa  209  6e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0765  LysR, substrate-binding  37.32 
 
 		 299 aa  209  6e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.960601  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 309 aa  206  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36 
 
 		 307 aa  206  5e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 335 aa  204  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 299 aa  203  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4540  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.438902  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.06 
 
 		 293 aa  202  4e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 304 aa  202  4e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 296 aa  202  4e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 298 aa  202  5e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 322 aa  199  7e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2674  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 294 aa  197  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.42 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2690  putative transcriptional regulator  38.44 
 
 		 301 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  38.38 
 
 		 299 aa  197  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 299 aa  195  7e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.59 
 
 		 300 aa  193  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 324 aa  193  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31630  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.469253  normal  0.129426 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 315 aa  193  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 293 aa  193  4e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 296 aa  192  7e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 300 aa  192  8e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 302 aa  191  9e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  33.77 
 
 		 309 aa  190  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 325 aa  190  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 344 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 353 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.46 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 304 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 313 aa  188  7e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 301 aa  189  7e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 310 aa  188  7e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 310 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 313 aa  188  8e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 355 aa  188  8e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 302 aa  188  8e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 310 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 310 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.78 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 312 aa  187  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 313 aa  187  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 311 aa  187  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.79 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 295 aa  186  5e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 299 aa  186  6e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 299 aa  186  6e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 299 aa  186  6e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 299 aa  186  6e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 299 aa  185  6e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 302 aa  186  6e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 297 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 322 aa  185  7e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 313 aa  185  7e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 304 aa  185  9e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1423  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  36.62 
 
 		 311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.49 
 
 		 295 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>