More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3233 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3233  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  619  1e-176  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.277987 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  49.01 
 
 		 307 aa  285  9e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 325 aa  275  7e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2812  LysR family transcriptional regulator  47.85 
 
 		 305 aa  274  2.0000000000000002e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.110516 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  47.51 
 
 		 301 aa  264  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 324 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1169  transcriptional regulator, LysR family  47.7 
 
 		 308 aa  261  1e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 307 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 307 aa  258  1e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  48.68 
 
 		 302 aa  257  2e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  44.82 
 
 		 302 aa  256  3e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  44.92 
 
 		 310 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  44.92 
 
 		 310 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  44.92 
 
 		 310 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2112  transcriptional regulator, LysR family  44.74 
 
 		 313 aa  236  3e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2152  LysR substrate-binding  44.08 
 
 		 313 aa  233  3e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0841975  normal  0.836129 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2429  transcriptional regulator, LysR family  43.42 
 
 		 313 aa  230  3e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404715 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 322 aa  229  3e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  42.28 
 
 		 299 aa  226  4e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1284  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 315 aa  224  1e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.821306  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 304 aa  224  2e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 311 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 305 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 304 aa  210  3e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0968  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 308 aa  208  1e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.564507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3692  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 305 aa  205  8e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 305 aa  203  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0786  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 301 aa  202  8e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4608  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.612778 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 301 aa  199  3e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 301 aa  199  5e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 301 aa  196  6e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0981  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  35.79 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 313 aa  189  5e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 335 aa  188  9e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 310 aa  186  4e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 301 aa  186  5e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  34.47 
 
 		 328 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 349 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 349 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 349 aa  179  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 349 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 349 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 349 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 349 aa  179  7e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 351 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 351 aa  178  9e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 351 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 351 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 351 aa  178  9e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  35.86 
 
 		 302 aa  178  9e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  36.51 
 
 		 351 aa  178  9e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 351 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 351 aa  177  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  35.95 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 362 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.99 
 
 		 298 aa  176  6e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 298 aa  175  7e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0562  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 311 aa  175  9e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.293612 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 298 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1024  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  36.09 
 
 		 367 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 367 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  33.9 
 
 		 289 aa  173  3.9999999999999995e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 307 aa  172  6.999999999999999e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 307 aa  172  6.999999999999999e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.83 
 
 		 289 aa  170  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 289 aa  170  3e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  34.47 
 
 		 289 aa  169  6e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  41.81 
 
 		 305 aa  168  8e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1958  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 307 aa  168  8e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 299 aa  168  9e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5229  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 304 aa  168  9e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.23572  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.17 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 312 aa  168  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  35.14 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>