More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5229 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_5229  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 304 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.23572  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0822  LysR family transcriptional regulator  89.47 
 
 		 304 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1408  LysR family transcriptional regulator  75.58 
 
 		 310 aa  461  1e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.349325 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6112  transcriptional regulator  71.62 
 
 		 307 aa  448  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.824632  normal  0.415957 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1714  LysR family transcriptional regulator  71.29 
 
 		 306 aa  413  1e-114  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1087  LysR family transcriptional regulator  67.66 
 
 		 316 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0873  transcriptional regulator, LysR family  65.68 
 
 		 306 aa  401  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0765  transcriptional regulator, LysR family  65.02 
 
 		 306 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.745241  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3568  LysR family transcriptional regulator  64.69 
 
 		 307 aa  394  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.318176  normal  0.117537 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2284  transcriptional regulator, LysR family  62.38 
 
 		 305 aa  361  1e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.487329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1710  transcriptional regulator, LysR family  60.53 
 
 		 305 aa  346  3e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 302 aa  208  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  39.65 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 293 aa  189  5.999999999999999e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.86 
 
 		 307 aa  188  8e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 325 aa  185  7e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 335 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.54 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.49 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 310 aa  183  3e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 293 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 301 aa  182  8.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  39.86 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  36.45 
 
 		 309 aa  179  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 316 aa  179  5.999999999999999e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 297 aa  179  5.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 297 aa  179  5.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 298 aa  179  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  34.77 
 
 		 297 aa  178  8e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 298 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 299 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1852  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275595 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.27 
 
 		 295 aa  177  3e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 306 aa  177  3e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 307 aa  177  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 322 aa  176  4e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4063  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 324 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4303  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 324 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 292 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 310 aa  175  7e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 303 aa  175  7e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 302 aa  175  7e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3459  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 324 aa  175  8e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 307 aa  175  8e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 302 aa  175  9e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 304 aa  175  9e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 310 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 310 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 310 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 327 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.33 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  33 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3456  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.695325 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 290 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1284  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 315 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.821306  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 301 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1985  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 330 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 324 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 304 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 310 aa  172  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2774  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446959 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 327 aa  172  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 304 aa  172  5e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 304 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 306 aa  172  6.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 303 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3963  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 324 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2987  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 320 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1169  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2967  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 320 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2353  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 320 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884603  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3070  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273364 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  33.67 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>