More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1714 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1714  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  589  1e-167  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1408  LysR family transcriptional regulator  74.67 
 
 		 310 aa  450  1e-125  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.349325 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5229  transcriptional regulator, LysR family  71.29 
 
 		 304 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.23572  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0822  LysR family transcriptional regulator  70.3 
 
 		 304 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6112  transcriptional regulator  69.41 
 
 		 307 aa  421  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.824632  normal  0.415957 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0873  transcriptional regulator, LysR family  69.61 
 
 		 306 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0765  transcriptional regulator, LysR family  67.65 
 
 		 306 aa  411  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.745241  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1087  LysR family transcriptional regulator  70.3 
 
 		 316 aa  413  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3568  LysR family transcriptional regulator  67.11 
 
 		 307 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.318176  normal  0.117537 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2284  transcriptional regulator, LysR family  64.03 
 
 		 305 aa  363  2e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.487329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1710  transcriptional regulator, LysR family  63.7 
 
 		 305 aa  355  6.999999999999999e-97  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 302 aa  206  5e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.54 
 
 		 300 aa  199  7e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 300 aa  192  7e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5252  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 295 aa  192  8e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3530  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 296 aa  189  7e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1852  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275595 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  37.67 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 307 aa  185  9e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 307 aa  185  9e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 292 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 313 aa  181  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 297 aa  179  5.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 297 aa  179  5.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 292 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  34.44 
 
 		 297 aa  178  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.62 
 
 		 307 aa  175  7e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2087  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 318 aa  175  8e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0306399  normal  0.33817 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 310 aa  175  9e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2438  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 298 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  172  7.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 314 aa  172  9e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 298 aa  172  9e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 304 aa  170  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.64 
 
 		 305 aa  169  5e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.78 
 
 		 304 aa  169  7e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 303 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  32.78 
 
 		 304 aa  169  7e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 304 aa  169  7e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 304 aa  169  7e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 295 aa  168  8e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 324 aa  168  8e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 298 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 294 aa  167  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  39.65 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 313 aa  167  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 328 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 327 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4510  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172827  normal  0.41646 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 327 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  36.73 
 
 		 298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 301 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 555 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 303 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 301 aa  167  2.9999999999999998e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  33.11 
 
 		 304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  32.44 
 
 		 304 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  36.08 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 304 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 301 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 303 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 301 aa  165  8e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 301 aa  165  8e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  32.44 
 
 		 304 aa  165  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 301 aa  165  8e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 301 aa  165  8e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 301 aa  165  8e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  32.89 
 
 		 304 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>