More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3530 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3530  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  598  1e-170  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5252  LysR family transcriptional regulator  91 
 
 		 295 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  82.19 
 
 		 302 aa  499  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  73.26 
 
 		 300 aa  463  1e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  74.82 
 
 		 300 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1852  LysR family transcriptional regulator  67.82 
 
 		 300 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275595 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  67.01 
 
 		 300 aa  420  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  42.55 
 
 		 293 aa  250  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  39.16 
 
 		 297 aa  240  2e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  39.16 
 
 		 297 aa  240  2e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 303 aa  222  6e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 		 304 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 308 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 295 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 299 aa  209  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  206  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 307 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 334 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 334 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 292 aa  202  4e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 307 aa  202  5e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 307 aa  202  5e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4510  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 308 aa  202  5e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172827  normal  0.41646 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 298 aa  202  5e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 334 aa  202  6e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 334 aa  202  7e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 296 aa  199  5e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 299 aa  198  7e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 324 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 334 aa  196  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 302 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 298 aa  195  6e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 301 aa  195  7e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 334 aa  195  7e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 334 aa  195  7e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 334 aa  195  7e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 334 aa  195  7e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 334 aa  195  7e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 334 aa  195  7e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.19 
 
 		 298 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.79 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4138  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 289 aa  192  5e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 296 aa  192  6e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 299 aa  192  6e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5125  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 304 aa  191  9e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 307 aa  191  9e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 302 aa  191  9e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 324 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.24 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 323 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 323 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  36.86 
 
 		 309 aa  190  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 306 aa  191  2e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  40.35 
 
 		 304 aa  190  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 305 aa  191  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1087  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 316 aa  190  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 334 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 338 aa  190  2e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 335 aa  189  2.9999999999999997e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 309 aa  189  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  39.44 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 300 aa  189  4e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 310 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4511  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 304 aa  189  5e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 310 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 310 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 294 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 340 aa  187  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  39.02 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 292 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 342 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 313 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 324 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1833  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 294 aa  186  4e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0313852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 324 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 324 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 298 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 334 aa  186  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 306 aa  185  6e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 310 aa  185  6e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>